肛瘘一般不能自愈，即使病情再轻，都需要一定的处理，可能有的一些采用一些药物治疗，会有一定的疗效，病情较轻的治疗后不会再次发作；但多数肛瘘会反复发作引起瘘管走行加深，可能会引起多个支管，所以一旦确诊为肛瘘，建议还是及时治疗，可能会有较好的疗效，避免病情加重，带来更为严重的并发症，如果病程过长，会使肛门括约肌纤维化，造成肛门失禁及肛门狭窄的可能。
轻微肛瘘症状，流脓，肛瘘流脓的程度与瘘管的长短、多少是有一定关系的，新生的瘘管流脓较多，分泌物不断的刺激皮肤，出现瘙痒的症状，而且瘘管内的脓液积聚也会出现肿胀疼痛，甚至会引起发烧，而且瘘管外口排出的脓液一般是血性有粘稠性的，比较深的高位肛瘘，还会有粪便和气体排出。
肛瘘是需要医治，不治是不会自己好的，一般可以通过手术医治，在饮食方面要清淡，主要吃流食和易消化食物、可以多吃青菜和水果，平时还要注意局部卫生，多用清水清洗，还要多注意休息。
轻微肛瘘3周左右会恢复。出现皮肤瘙痒时，避免用指甲抓挠，平时要保持大便通畅，养成定时排便习惯，保持肛周清洁卫生，勤沐浴、勤换内裤，每日睡前或便后温水坐浴。适当参加体育锻炼，如散步、打太极拳等，避免久坐、久站。
肛瘘是肛腺感染引起的，多由肛周脓肿破溃发展而来。肛瘘一旦确诊，应该在充分准备后及早手术治疗。病情越轻，创面越小，术中并发症越少，术后恢复越快，术后复发率越低，手术效果越好。术前应该充分完善相关检查，排除结核性肛瘘和克罗恩病性肛瘘。术后要注意保持肛周创面清洁，避免创面局部刺激，保持大便顺畅，避免腹泻便秘，避免刺激性饮食。