一般治疗的时间和严重程度有关的，有的可能在一周到半个月左右的不等，需要定期到医院复查，平时一定要注意个人卫生避免感染，肛瘘的主要原因是肛周脓肿，直肠肛门损伤，肛门裂反复感染等因素导致的。
如果是做手术，需要几十分钟的时间，肛瘘手术多长时间才能够恢复，要因病情而异、因人而异，比如体质好的人，可能一个肛瘘十几天就长好了，体质差的人可能得长20多天，30多天；好比说血糖高的，可能要长到两个月才能长好。
肛瘘多久能痊愈；手术后按时换药，平时注意卫生，勤清洗，便后清洗，一般需要2-4周可以痊愈。建立正常的膳食习惯，因肛瘘的发生与湿热有关，对于油腻饮食，可以内生湿热，所以不宜多吃。养成良好的排便习惯，每日排便后坐浴保持肛门清洁，对预防感染有积极作用。避免一直保持同样姿势，坐着工作的人每隔一小时要能走动三、四分钟。
治疗肛瘘要住院术后一周抗感染治疗，两天做好术前准备然后进行手术，所以都是9天左右就可以出院了。出现了之后，也是要继续消毒，继续坐浴治疗，因为没完全长合，挂线也还没掉出来。
肛瘘进行手术后，是比较简单的肛瘘，住院10天左右就可以恢复，如果是比较复杂的肛瘘可能20天左右才可以恢复，在恢复期间每天都需要消毒、清洗、换药才可以加快恢复速度。