其传统手术常见的有瘘管切开术、挂线疗法，这些方法虽然可以有效治疗肛瘘，但是手术过程非常疼痛，尤其是术后恢复时间超长，一般需要一个月左右的时间住院观察调养，现在的医疗水平，已经可以做到微创治疗肛瘘了，微创手术治疗肛瘘具有痛苦小、出血少、快速、彻底的特点。
快速治疗肛萎的方法是手术治疗。肛瘘具体来说有许多类型，而手术方式也不尽相同的，对于低位肛瘘可以手术切开，而如果管道纤维化的低位肛瘘则可以手术切除，对于高位单纯性直瘘或有内外口的低位肛瘘，可以采用挂线疗法。
引起肛瘘的原因，是因为人体内的湿热，平时要保持健康的饮食习惯。可以手术治疗，不食油腻、湿气重的食物。饮食应以清淡为主，多吃绿色蔬菜，多吃富含蛋白质的食物，养成良好的排便习惯，每日排便后坐浴保持肛门清洁。
肛瘘的治疗有手术治疗，治疗原则为保护肛门功能，处理内口。肛瘘位于内外括约肌附近，所以治疗中应强调弄清内口的部位与外括约肌深部的关系，以避免损伤括约肌而致肛门失禁。药物治疗用来调理。
肛瘘可以采用手术的方法。肛瘘的手术方法有很多，一般医生会根据肛瘘的复杂程度不同选择恰当的手术方法。比如有肛瘘切开术，瘘管剔除术和肛瘘切开挂线术等。但是不管采取哪种手术，都会的去除肛瘘的内口，才能使肛瘘尽快的好。