其传统手术常见的有瘘管切开术、挂线疗法，这些方法虽然可以有效治疗肛瘘，但是手术过程非常疼痛，尤其是术后恢复时间超长，一般需要一个月左右的时间住院观察调养，现在的医疗水平，已经可以做到微创治疗肛瘘了，微创手术治疗肛瘘具有痛苦小、出血少、快速、彻底的特点。
肛瘘可以采用手术的方法。肛瘘的手术方法有很多，一般医生会根据肛瘘的复杂程度不同选择恰当的手术方法。比如有肛瘘切开术，瘘管剔除术和肛瘘切开挂线术等。但是不管采取哪种手术，都会的去除肛瘘的内口，才能使肛瘘尽快的好。
肛瘘的治疗有手术治疗，治疗原则为保护肛门功能，处理内口。肛瘘位于内外括约肌附近，所以治疗中应强调弄清内口的部位与外括约肌深部的关系，以避免损伤括约肌而致肛门失禁。药物治疗用来调理。
肛瘘有很多治疗方法。常用的是传统药物疗法，传统手术方法和微创疗法。肛瘘由内外口和瘘管组成。如果肛瘘严重，可能有多个瘘管和瘘管。如果传统疗法不能发现准内，完全消除原有感染，或瘘管未完全切除，很容易复发，这是传统手术的一大缺点，肛瘘想要彻底治疗，还需要微创手术肛瘘治疗方法比较好。
肛裂合并有肛瘘，大多与不良的生活饮食习惯和便秘有关。要生活规律，清淡饮食，多吃蔬菜和水果，多喝水，避免油腻辛辣刺激性食物，戒除烟酒，多做提肛运动。可以采用溶液坐浴，使用药膏治疗肛裂。如果病程较长，到正规医院检查，采取手术的方法治疗肛裂和肛瘘。
使用广谱的抗生素进行抗炎治疗。局部进行温水坐浴，也可以用药物坐浴，然后配合局部的理疗。肛瘘伴急性感染出现的疼痛，没有特殊有效的办法，可以适当吃止痛的药物。