一般所说的生理囊肿多指，黄体囊肿，或者黄素囊肿，或者滤泡囊肿，多为女性一个月的生理变化过程，由生理变化所引起的，例如黄体囊肿，则是在排卵后，黄体峰值期，因黄体素持续分泌，从而形成潴留囊肿，但随着月经的来潮，下次月经的开始，黄体峰值期的衰退而消失或者缩小。
生理性卵巢囊肿通常发生在排卵周期的育龄妇女，异常量的液体聚集在滤泡内或黄体内，形成滤泡囊肿或黄体囊肿.这种功能性囊肿有时会很大，但不管用药与否，通常会在三个月内自行消失.事实上，有些卵巢囊肿是生理性的，可自然消退，无需治疗，有些则是卵巢囊性肿瘤，应该手术切除。
巧克力囊肿是子宫内膜异位症引起的，一般会引起痛经，而且会有进行性加重的，有的人还会引起性交痛，不孕，甚至月经不调。如果症状不明显，可以采取药物保守治疗，但是比较明显的就要注意做手术治疗了。
卵巢巧克力囊肿的常见症状，性生活痛、这是卵巢巧克力囊肿最明显的症状，子宫直肠窝阴道后穹隆，宫骶韧带等部位的子宫内膜异位症等均可发生性生活痛，而且常于月经前较为明显；白带异常；痛经；即使没有避孕也不会出现怀孕的情况。
生理性囊肿在月经结束后是会自然消失的，不用治疗，巧克力囊肿是需要考虑手术治疗的，具体的应该去医院检查一下，根据检查结果采取相应的治疗。平时注意休息，多吃新鲜的水果和蔬菜。