巧克力囊肿是子宫内膜异位症引起的，一般会引起痛经，而且会有进行性加重的，有的人还会引起性交痛，不孕，甚至月经不调。如果症状不明显，可以采取药物保守治疗，但是比较明显的就要注意做手术治疗了。
一般所说的生理囊肿多指，黄体囊肿，或者黄素囊肿，或者滤泡囊肿，多为女性一个月的生理变化过程，由生理变化所引起的，例如黄体囊肿，则是在排卵后，黄体峰值期，因黄体素持续分泌，从而形成潴留囊肿，但随着月经的来潮，下次月经的开始，黄体峰值期的衰退而消失或者缩小。
卵巢巧克力囊肿的常见症状，性生活痛、这是卵巢巧克力囊肿最明显的症状，子宫直肠窝阴道后穹隆，宫骶韧带等部位的子宫内膜异位症等均可发生性生活痛，而且常于月经前较为明显；白带异常；痛经；即使没有避孕也不会出现怀孕的情况。
巧克力囊肿没有生理性的。是子宫内膜异位症的结果，有两种可能：1.不是巧克力囊肿；2.是巧克力囊肿。不论是不是巧克力囊肿，由于手术直接将囊肿切除了，病灶全部切掉了，自然就没事了。如果有残留的病灶存在，就很可能还会复发。
巧克力囊肿的治疗方法可采用药物或手术治疗。除了手术外，尚无一种理想的方法。手术方式有开腹手术和经腹腔镜手术两种。腹腔镜手术是本病的处理方法。饮食要多注意一点，不要吃辛辣食物。
巧克力囊肿食疗禁食辛辣生冷刺激，增加营养，多吃瘦肉，鸡蛋，牛奶，海产品等优质蛋白，多吃蔬菜水果，多吃豆制食品，适当活动，避免剧烈运动，注意手术后一个月禁忌性生活，每晚温水冲洗外阴，保持外阴清洁干燥，有不适及时去医院检查。