肛瘘假性愈合时，如果肛瘘形成的时间比较短，瘘管还没有完全成熟，应当及时将假性愈合的外口进行清理，通畅引流，以保证肛瘘内容物的通畅排出。如果肛瘘形成时间比较长，瘘管已经成熟，则应当积极进行瘘管的手术治疗，包括肛瘘挂线或者肛瘘切除术。
肛瘘一旦确诊要手术，吃药和打针都没有治疗意义。手术之后伤口完全长好，需要一个半月左右的时间。术后需要每天换药，换到伤口完全长好，要多休息避免运动，饮食清淡。
肛瘘手术后瘙痒可能是由伤口感染引起的。可以去医院肛肠外科检查确认原因。如果是由细菌感染引起的，应该尽早使用抗生素。如果肛瘘的症状仍然存在，需要再次手术。保持肛门清洁卫生。
如果出现肛瘘症状，说明痔疮或肛裂没有及时治疗。肛瘘只能通过手术治疗，没有其他方法，而且这段时间需要定期排便。平时多吃新鲜蔬菜，水果出现无食，养成良好习惯，避免便秘。
得了肛瘘首先需要注意肛门部的清洁卫生，不可抓搔。应经常用温水泡洗肛门，每晚要洗一次，可以用温盐水外洗。还有内裤要勤换、勤洗、暴晒，也可用肛门袋保护肛门，以免过多污染内裤，肛门袋亦要经常换洗，不要让脓液、分泌物积留在伤口部位。