严重的口腔溃疡治疗，需要全身加局部治疗相结合，局部治疗可以使用一些止疼类药膏，也可以使用促进局部愈合型药物，全身用药主要是使用增强免疫力类药物，如果溃疡继发感染，可以使用抗生素类药物进行治疗。
口腔溃疡的治疗以消除病因、增强体质、对症治疗为主，治疗方法应坚持全身治疗和局部治疗相结合，中西医治疗相结合，生理和心理治疗相结合。口腔溃疡常呈周期性发作，复发时间长短与口腔溃疡病史长短有密切关系。
口腔溃疡癌变比较严重，可能会表现成口腔溃疡还有癌性溃疡。手术只能切除看得见的肿瘤，对于残存在血液和淋巴中的癌细胞无能为力，所以术后也要做好巩固治疗，以防复发和转移。
口腔溃疡严重的可能会影响身体其他免疫功能，甚至整个身体的免疫功能，口腔溃疡应该早期进行治疗，口腔溃疡饮食多以清淡为主，多吃流质食物，忌食辛辣刺激性食物，以免加重病症。
口腔溃疡在一周左右就可以自行痊愈，还可以往溃疡的地方局部涂抗炎类药物，多吃白菜，白菜中含有维生素对口腔溃疡具有疗效。木耳具有抗溃疡作用，所含的营养物质可以促进溃疡面愈合。