巧克力囊肿简单处理方法可以采取药物的治疗或者是手术治疗，或是随访观察。在饮食上要避免吃含有雌性激素的食物，要杜绝性生活，要注意自身的保暖，避免感冒、受凉，同时还要去医院进行复查。
囊肿属于良性病变，对身体没有很大的影响，可以不做治疗或用中药调理，一般也没有什么特效药。有必要时可以考虑手术切除，巧克力囊肿属于子宫内膜异位症的其中一种，要高度重视积极正确治疗。西医手术以及激素治疗复发几率高，可考虑中医保守治疗。
巧克力囊肿简单治疗方法是手术方式，有开腹手术和经腹腔镜手术两种。腹腔镜手术是本病处理方法。目前认为以腹腔镜确诊、手术+药物为内异症治疗的金标准。开腹手术可用于腹腔镜条件不具备或非常复杂的手术，如严重粘连和有多次手术史者。
三种治疗方法可以对付卵巢囊肿。传统手术，会带来一定创伤，囊肿容易破裂引起复发；腹腔镜手术，有较好疗效，手术费用不菲，但术中囊肿易剥破，导致盆腔黏连、化学性腹膜炎等；经阴道超声介入手术，微创诊疗技术，定位准确，不伤其他组织，复发率低，不影响生育。
巧克力囊肿可以采用药物治疗和手术治疗两种方式治疗，治疗时一般要根据年龄、对生育的要求、囊肿的大小、病情的轻重来决定是采用药物治疗还是手术治疗，保守性的治疗主要是保留卵巢功能的治疗。