急性附睾炎的治疗一般比较慢，一般要输注抗生素抗病毒药物两周，根据治疗情况，在口服抗生素治疗三到四周，免得转变成慢性附睾炎。或者物理降温，就是用酒精擦浴的物理降温方法。或冷敷，在额头、手豌、小腿上各放一湿冷毛巾，其他部位应以衣物盖住。
因附睾炎有急性与慢性之分，所以治疗也有所侧重。 对于急性附睾炎主张患者卧床休息，托起阴囊，以减轻疼痛。 早期可将冰袋放在附睾处，防止肿胀。晚期可用热敷，以促进局部血运，加速炎症消退。因属于感染，故应进行抗感染治疗，临床上多选用广谱抗生素及对革兰氏阴性菌效果较佳的抗生素。对于疼痛、发热等全身症状，应用解热镇痛药对症处理。如果附睾疼痛较重可请专科医师予1％利多卡因10～20毫升由睾丸上端处行精索局部封闭，可起到止痛、解除坠胀作用。如果附睾炎性包块增大，阴囊皮肤红肿且有波动感，形成脓肿则须行切开引流。因留置导尿管招致本病者，应拔除尿管。另外，急性期期间要避免性冲动和重体力活动，以免加重感染和症状。对少数顽固病人且病情控制不理想，可行附睾甚至包括睾丸切除术。