脓肿切开后，用探针仔细检查内口，然后切开瘘口，适当切除皮肤和皮下组织，轻轻切除内口周围组织，使引流畅通。如果内口较深，瘘管穿过肛门括约肌，可采用拉线治疗。以上手术的优点是脓肿一期治疗，不形成肛瘘。然而，在急性炎症时，当很难找到内口时，不应盲目寻找，以免炎症扩散或形成假通道，只做切口和脓液，然后在肛瘘形成后再做肛瘘手术。二期手术的优点是效果准确，治疗率高。
肛周脓肿应手术治疗，得了肛周脓肿如不及时治疗，感染会进一步向周围组织蔓延，使病变进一步加重，由小病变成大病，由易治变成难治，甚至导致脓毒血症或败血症。早日治疗可防止病变发生变化，尽早解除病痛，节约医疗费用。肛周脓肿早期，内服抗生素及清热解毒的中药，外敷清热解毒消痛散结的中药药膏等，可使炎症得到控制，不再继续扩大，肛门肿痛逐渐消。
肛周脓肿早期需要做超声检查，感染是引起肛门脓肿的主要原因。因肛裂、痔疮、肛窦炎、肛门周围皮肤毛囊汗腺炎及肛门周围皮肤病等感染，可形成肛周脓肿。平时可以进行提肛训练，在意念指导下使肛门一松一紧，每次5分钟，每日2次。
去当地正规的大医院咨询后进行检查治疗。忌辛辣刺激食物，饮食清淡避免便秘，注意肛门清洁卫生，可以便后坐浴，定期医院肛肠科消毒换药，一般需要一月余愈合。还要注意检查。
首先要明确是否是肛周脓肿。可以行B超检查，有时也可行穿刺检查。如果肛周脓肿确诊了，手术治疗。如果只行脓肿切开引流，那么有一半的病人还会复发，即形成肛瘘。肛周脓肿病人宜食用清淡易消化的食品。忌食腥、辣刺激性食物。
日常生活避免辛辣刺激性食物，避免长时间久坐，在正确的指导下，可以通过局部抗感染，以及手术的方法进行治疗，同时要多积极锻炼身体，保持肛门清洁，勤换内裤，坚持每日便后清洗肛门，不要久坐湿地，以免肛门部受凉受湿，引起感染。