肛瘘可以通过手术治疗。治疗的方法有肛瘘切开和切除术、切断肛管直肠环和括约肌、姑息切除术等，这些传统手术方法弊端较多，如切断肛管直肠环和括约肌手术过程会损伤括约肌导致大便失禁，而姑息疗法虽然不切断外括约肌但切不完全。手术的关键是尽量减少肛门括约肌的损伤，防止肛门失禁．同时避免瘘的复发。
肛瘘的症状是反复脓性分泌物的排出，瘘管通畅无炎症常不感到疼痛，只感觉局部发胀不适，行走时加重，如外口封闭，瘘管积脓，则有疼痛，排便时加重。肛门周围皮肤受分泌物刺激常感觉瘙痒。
肛瘘的症状是反复脓性分泌物的排出，瘘管通畅无炎症常不感到疼痛，只感觉局部发胀不适，行走时加重，如外口封闭，瘘管积脓，则有疼痛，排便时加重。肛门周围皮肤受分泌物刺激常感觉瘙痒。
肛瘘的症状是反复脓性分泌物的排出，瘘管通畅无炎症常不感到疼痛，只感觉局部发胀不适，行走时加重，如外口封闭，瘘管积脓，则有疼痛，排便时加重。肛门周围皮肤受分泌物刺激常感觉瘙痒。
肛瘘的症状是会排脓，脓汁粘稠，黄色、味臭；瘘管日久的排脓相对较少，或时有时无，稀淡如水；若脓量增加，则表示新瘘管生成瘘管有时会暂时封闭，不排脓液，从而出现局部肿痛，体温上升。
肛瘘一旦形成，其自愈机会少之又少，必须通过手术才能够达到治疗效果，但肛瘘的手术方法有很多，其中就有传统手术和微创术之分。传统手术，传统手术常被人们称为“人间炼狱”，可见其痛苦异常，另外传统手术的治疗的时间长，出血多，创伤大，且术后恢复时间超长，一般需要一个月左右的时间住院观察调养，还伴有肛门失禁、肛门狭窄等后遗症和并发症。