肛瘘发病初期流脓较多，色黄而稠，粪臭味重。久之，脓液逐渐减少，时有时无，稀淡如水，如果过于疲劳，则脓液增多，可有粪便流出。有时瘘管外口可暂时封闭，但不久病人又会出现发烧、局部肿痛，封闭的外口可再度穿破，待脓液流出后症状才逐渐消失。
肛瘘初期的症状特征有流脓，周期性发作，时有时无，脓液较少。肿痛一般不疼，当脓液积存于管腔内引流不畅时，局部胀痛，当脓液流出后疼痛马上减轻。肿块可在肛缘触及索条状硬块，按压轻度疼痛。瘙痒脓液经常刺激瘘口周围皮肤，致肛门皮肤瘙痒或湿疹。
典型症状：反复自外口流出少量脓液，污染内裤；有时脓液刺激肛周皮肤，有瘙痒感。若外口暂时封闭，脓液积存，局部呈红肿，则有胀痛，封闭的外口可再穿破，或在附近穿破形成另一新外口，如此反复发作，可形成多个外口，相互沟通。如瘘管引流通畅，则局部无疼痛，仅有轻微发胀不适。
肛瘘的症状是会排脓，脓汁粘稠，黄色、味臭；瘘管日久的排脓相对较少，或时有时无，稀淡如水；若脓量增加，则表示新瘘管生成瘘管有时会暂时封闭，不排脓液，从而出现局部肿痛，体温上升。
肛瘘初期症状是肛门口会有脓性分泌物或者血水流出，经常在内裤上可以看到有粘乎乎的分泌物或者淡淡的血迹。肛瘘初期还有一个症状是疼痛。还是去医院治疗，初期治疗方便、简单，术后也比较好。