肛瘘一般是化脓性感染所致，少数的表现为异性感染。如结核，克隆病，溃疡性结肠炎更少见，直肠肛管外伤，继发性感染也可以形成肛瘘，直肠肛管恶性肿瘤也可能溃破成瘘管，但都比较少见，和一般化脓性感染有明显的区别。
导致肛瘘的主要原因是解剖学的因素。肛腺在大便的时候起润滑作用，它会分泌一些粘液性的东西，防止大便太干燥。肛腺不发达的人在大便太干燥的时候，容易感染以后形成肛瘘。还有一些体质的因素。包括人过度劳累，这时候就容易抵抗力下降，进而细菌也就容易繁殖起来。喝酒、吃火锅、麻辣食物也会刺激它的产生。
症状可能是痔疮引起的，与便秘有关，痔疮分为内痔和外痔，平时多吃蔬菜水果，预防便秘，可到医院肛肠科确诊一下。饮食不节：如食用辛辣刺激食物、过量饮酒或食用海鲜导致腹泻，长期反复的腹泻引起局部感染，蔓延至肛门周围，形成肛瘘；2、病人有基础疾病：包括血液疾病，其免疫力和全身抵抗力下降；传染性疾病如结核，感染结核杆菌后，引起肛周病变；传染性的性传播疾病。
肛瘘的症状是反复脓性分泌物的排出，瘘管通畅无炎症常不感到疼痛，只感觉局部发胀不适，行走时加重，如外口封闭，瘘管积脓，则有疼痛，排便时加重。肛门周围皮肤受分泌物刺激常感觉瘙痒。
肛瘘形成的原因主要是因为肛窦感染以后，肛窦炎导致肛腺管开口充血、水肿，肛腺内分泌物排出不顺畅，导致的感染向直肠或者是肛管方向扩散，如果扩散到肛门，容易形成肛周脓肿，脓肿破溃以后形成外口，就形成了肛瘘；肛瘘形成的原因还有可能是外伤、手术等引起，有时候进行灌肠、肛门镜检查的时候可以损伤肛管直肠，造成细菌入侵或者引起感染；另外，不良的生活习惯、饮食习惯也是肛瘘的原因之一。