南瓜子含有丰富的营养成分，如氨基酸、膳食纤维、维生素E、维生素B族、脂肪、锌元素、钙元素等。南瓜子可以杀灭人体内的寄生虫，尤其对血吸虫的幼虫有很好的杀灭作用。可有效防止色素沉着，改善肤色、肤质。
南瓜子性平，还有驱虫的作用。大部分的小孩肚子里都是有虫的，如果每天食用一小把南瓜子，就可以杀死肚子里的蛔虫并排出，它除了可以祛除蛔虫，对蛲虫也有很好的抑制作用。蛲虫也是小孩容易感染的疾病，如果经常食用南瓜子，就可以起到预防蛲虫的作用。而且南瓜子还有治疗痔疮的作用，如果小孩经常出现便秘的情况，吃南瓜子就可以预防痔疮的发生。
吃生南瓜子有杀虫止痛、通乳下奶的好处。生南瓜子性平、味甘，主要用于绦虫导致的腹痛证，具有杀灭绦虫虫体、促使绦虫泻下排出的作用，有效改善绦虫引起的肛门瘙痒、腹痛、营养不良、面色萎黄等症。对于蛔虫证、血吸虫证也有一定的疗效。
南瓜子能促进人体发育，但如果吃的过多，容易造成胃肠道不适，引起血脂升高，出血等一系列不良反应。
南瓜子中含有锌，可以促进智力发育，是儿童发育不可缺少的微量元素，能避免孩子因为缺锌出现发育迟缓、异食癖等症状。但因南瓜子的脂肪含量较高，热量易超标，胃肠不好和容易胀气的人食用过多会引起消化不良、腹部闷胀等。还会增加热量和脂肪摄入，不利于血糖和血脂的控制，尤其是本身就有高血压或者糖尿病的患者，会加重病情。
建议在食用南瓜籽时最好选择未剥壳的原味南瓜子，因为外壳可以保护瓜子仁不受外界污染，减缓脂肪氧化，延长保质期。
吃炒熟的南瓜子能保护前列腺，预防和改善前列腺疾病，还可以促进体内胰岛素的释放，还能提高精子质量，还能增进血液循环，改善血清脂质，清除过氧化物，还有抗衰老、护视力的作用。