如果长期不治疗，危害很多，第容易引起一些分泌物；肛门周围会分泌一些东西，比如脓水，引起肛门周围的潮湿，引起污裤，就是内裤污染；另外可以引起皮炎湿疹。第肛瘘形成之后，可以在肛门周围形成一个肿块，肿块实际上就是肛瘘的瘘管，肿块时间长之后可以引起病人的疼痛。
肛瘘不治疗会造成很多问题，比如肛瘘流脓，脓水污染内裤，剧烈活动后可促使脓汁外溢，局部经常受到刺激，皮肤摩擦、痛痒，非常痛苦，影响工作和学习。由于多次反复发作，脓液可穿破管壁顺括约肌间隙，蔓延而形成多发性、复杂性肛瘘，不但给治疗带来了困难，而且也影响到肛门的正常生理功能。
瘘口、瘘管增加：肛瘘的多次反复发作，脓液可穿破管壁顺括约肌间隙蔓延而成多发性、复杂性肛瘘，不但给治疗带来困难，而且也影响到肛门的生理功能。肛瘘感染发炎后，肛门疼痛剧烈，溃破后脓水污染内裤，脓汁刺激局部皮肤，肛门瘙痒剧烈。久而久之可使身体虚弱消瘦，精神不振，抗病能力下降，发作亦越频繁，形成互为因果。
肛瘘典型的一些症状就是肛门流脓、流血，瘙痒，有的还伴有异味。肛瘘久拖不治，瘘口会增加，治疗难度也会增大，十年以上肛瘘具有一定癌变风险。积极手术治疗，是可以治好的。
由于反复发作，脓液可穿透管壁，沿括约肌间隙扩散，形成多发复杂的肛瘘，不仅给治疗带来困难，而且影响肛门的正常生理功能。任由肛瘘发展，可对括约肌造成严重损伤，甚至可能造成肛门失禁等并发症。