可以考虑手术治疗。手术方法以显微镜下切除囊肿壁，严密缝合囊肿，以蛛网膜下腔的通道为主要治疗策略。对无症状者以及MRI显示囊肿和临床症状不明显者，一般不需要处理，可先行观察。
骶椎椎管囊肿可以用一切不开刀的治疗方法，阻止病情的发展，常用的方法有在专业医师的指导下应用中西医各种药物，针灸、推拿、牵引、正骨等综合治疗。长期坚持腰背肌功能锻炼，避免久坐弯腰，注意定期复查。
这个部位的囊肿主要会出现腰骶部疼痛，在早期囊肿比较小，也有可能是没有症状，一般药物只能是缓解，但是完全根据这个要到医院通过手术，尤其是输卵管的检查，如果有输卵管慢性炎症或是粘连堵塞等问题，要及时进行治疗，避免再次发生宫外孕。
骶管囊肿如果没有什么特殊症状以观察为主。如果骶管囊肿出现明显的症状，比如下肢和会阴部的感觉疼痛、麻木、大小便失禁，则需要相应的治疗措施。口服营养神经类药物和止疼类的药物对症处理。如果仍然没有明显疗效，则需要通过手术方式进行治疗。
肛周脓肿的保守治疗主要包括以下几个方面抗生素抗感染治疗，在临床上一般选用对革兰阴性杆菌有效的抗生素进行抗感染治疗，做过肛周脓肿脓液的细菌培养加药敏试验，要根据细菌培养加药敏试验的结果。
肛周囊肿是可以保守治疗的。肛周脓肿的保守治疗方法，是在肛周脓肿早期，肛周触及到硬结还没有化脓，此时应该积极的抗感染治疗，可以口服治疗。同时每次排便后要用花椒水熏蒸坐浴，每天两次。同时要禁食辛辣生冷，刺激油腻的食物。