月经期间卵巢囊肿的治疗方式取决于患者年龄，是否恶性，囊肿的部位，体积，大小，生长速度，是否保留生育功能以及患者的主观愿望等因素而定。
患者可以在月经结束后采用手术的方式进行治疗，临床上手术主要有卵巢囊肿切除术，年轻患者尤其是绝经前患者多采用此种术式，而尽可能保留正常的卵巢组织。另一种是输卵管卵巢切除术，年龄较大（45岁以上）或绝经后患者，可行行一侧或双侧输卵管卵巢切除术。
如果囊肿比较大需要在月经干净3到7天住院手术。如果没有超过五厘米的，可以用短效避孕药调理两个月再复查。如果囊肿比较小，可能问题不大，定期复查。如果有痛经，有可能不是单纯的卵巢囊肿，可能是巧克力囊肿，可能是子宫内膜异位症的一种，容易引起痛经的，囊肿伴有出血腹痛的也需要排除怀孕需要用早孕试纸测试。
应该尽早的进行手术治疗，如果是良性肿瘤，而且希望保留生育功能，那我们可以进行姑息性手术，仅仅切除囊肿组织，保留卵巢和子宫。但是如果是恶性肿瘤，那我们要及时的切除卵巢和输卵管，并且还要清除腹腔内的转移灶，以降低疾病复发的几率。并且在治疗之后，我们还要及时的进行化疗和放疗，以杀灭身体残留的肿瘤组织。
卵巢囊肿月经期很疼可以暂时不用管等月经干净以后再复查一个彩超，如果实在痛得很厉害，是要及时到医院治疗，注意检查是否出现了卵巢囊肿蒂扭转，如果是需要手术进行治疗。
如果有卵巢囊肿，而且囊肿一般不大，对月经的影响并不是很大，排除是怀孕以后，就可以服用药物调理月经等月经来了以后再做个b超复查，看看囊肿有没有改变。有的时候囊肿是生理性的是闭锁的卵泡，月经结束以后囊肿就会自然消失。
月经淋漓不尽的话可能是术后内分泌紊乱导致的症状。对于大于五公分以上的卵巢囊肿，由于这时药物保守治疗不佳，所以常常就需要考虑进行手术切除，而卵巢囊肿手术后，由于手术的刺激影响可能会导致排卵延迟，因此就会出现月经延迟现象，所以多考虑是手术刺激导致的应激性反应，一般可以暂时不做任何处理治疗，而是继续观察看月经推后的具体时间。