少量使用灌肠退烧对身体影响不大，但长期多次使用，会影响孩子的正常发育。
退烧用药物灌肠可以使药物快速的吸收，也不会给患儿造成痛苦。但是长期或者多次用药物灌肠，会导致直肠粘膜，有些药物也会使肠道内正常的菌群受损。建议比较小的孩子不要选择灌肠。
体温不超过38.5度注意多喝水，清淡饮食。用温毛巾擦拭四肢大血管经过的地方，物理降温就行，注意勤测量体温。如果体温超过38.5度，需要及时在医生指导下药物退烧，以免体温高引起热性惊厥。
比较小的孩子不要选择用灌肠的方式进行退烧，可以采用物理或者是药物等方式帮助孩子进行退烧。长期灌肠会对孩子的肠胃产生影响，而且一般如果温度没有超过38°五以上，可以通过退热的药物来进行治疗，灌肠退烧需在专业的医生配合下来进行使用。
一般情况下，小儿灌肠治疗，在医疗上是不被重视的。灌肠对儿童造成的伤害有：
1.灌肠的配比较低，目前FDA认可的可以灌肠的药很少见，大多数都不能使用。
2.灌肠会损害孩子的肛门和直肠，而药物则会对直肠、肛门造成一定的伤害。
3.灌肠灌胃时，主要通过静脉途径吸收，多数经过肝内消化，造成肝损伤。
建议尽量不要让儿童灌肠，以免影响身体健康。
建议用温水擦浴，不要用冰水和酒精擦浴，因为酒精会透过皮肤被身体吸收，会导致儿童产生酒精中毒、过敏等不适症状。
目前认为可以通过服用布洛芬或者对乙酰氨基酚进行退热，2个月到6个月的儿童可以通过服用对乙酰氨基酚进行退热，6个月以上的儿童可以服用布洛芬退热或者服用退热药。孩子发烧后要及时补充水分和电解质，要及时到医院检查。
损坏肠道。因为孩子的肠道结构还有发育完全，属于比较脆弱的，灌肠后容易出现急性肠胃炎，损坏肠胃的正常消化功能。引发肠粘膜水肿。因为灌肠的剧烈性，导致孩子的肠胃内膜撕裂是经常有的事情，还会伴随腹痛不止的情况。
灌肠会出现直肠炎等感染性疾病发生，也有可能损伤直肠粘膜。
直肠给药是一种常用的给药方式，直肠有丰富的毛细血管网，对药物吸收率很高。但小孩的肠道内环境还不是很稳定，不能长期、反复进行灌肠治疗，这样容易引起直肠粘膜破损，也有可能药物损伤直肠黏膜，出现直肠炎等感染性疾病发生。
如果已经进行过灌肠，当天内不建议再次采用直肠灌肠治疗。如果是发烧建议先去正规医院抽血化验，对症用药。一般主张口服退烧药的。