治疗多囊卵巢，重在针对病因进行治疗。是一个内分泌失调性疾病，发生多囊卵巢是由于丘脑下部－垂体－卵巢轴功能失调，破坏了相互之间的依赖与调节，因而卵巢长期不能排卵，而导致不孕、闭经、月经不调、肥胖等。这个疾病会影响到女性的卵巢的排卵。治疗多囊卵巢的方法是需要根据身体情况来的，如果病因是因为雄激素过多的关系是需要用药物调理，如果是器质性病变是需要药物来调理。
手术治疗，药物治疗对于多囊卵巢症状比较轻微的病人，其使用效果是比较好的，这样对于身体的损害也比较小。但是如果病人病情比较严重，如果采用药物治疗方法，就有可能需要很长时间的治疗，而且治疗效果也不见得很好，有时候效果不明显甚至导致病情不稳定。
多囊卵巢首先确诊后行性腺六项，胰岛素扺抗等检查，如果有高雄血症，应使用药物治疗。如果有胰岛素抵抗可以改善胰岛素抵抗，和高雄激素血症。对于肥胖者，还应加强锻炼，饮食控制，服用降代谢的减肥药，以减轻体重，可以帮助恢复排卵。必要时还可以通过手术卵巢打孔治疗。
多囊卵巢病人首先必须把激素水平降至正常。如果要是激素水平不正常，即便盲目用药促排，把卵排出来了，但是体内激素水平异常，也不利于孕卵着床及发育。一般是服用达英-35用药3-6个月。先用3个月，用完3个月以后，如果体内激素水平恢复正常以后，可以用药促排，马上备孕，然后再调理其他的，这是最快的治疗方法。如果就不想用药，不想调整激素水平，盲目用药让它促排，可能性也有。
多囊卵巢减少高脂肪高糖食物的摄取，降低体重。这样可以促使雄激素水平下降对恢复排卵有利。药物治疗可以对抗雄激素的作可以调整月经周期。如果两种方法效果都不好就需要考虑多囊卵巢腹腔镜下打孔术，治疗多囊卵巢效果还是不错的。
药物治疗可以对抗雄激素的作用，促使卵巢排卵。但如果药物效果欠佳，就需要考虑腹腔镜手术治疗。在腹腔镜下，手术穿刺卵泡，使雄激素水平下降，从而达到治疗目的。还需积极进行锻炼，并减少高脂肪、高糖食物的摄取，降低体重。这样可以促使雄激素水平下降，对恢复排卵有利。