引起原因：内分泌失调所致：卵巢是产生卵子并且排卵、内分泌激素、平衡内分泌的一个重要生殖器官，而左附件巧克力囊肿的问题高发于内分泌旺盛的生育年龄。生理因素影响：巧克力囊肿是因为月经期子宫壁脱落的子宫内膜碎片而导致引流不畅，从而不能使碎片经由阴道排出，而影响其从阴道流出的，有阴道闭锁、子宫颈口狭小、子宫颈口年龄等，都是导致巧克力囊肿发生的原因。
有不注意性生活的原因，尤其是在月经期间很容易引起月经返流，从输卵管进入卵巢生长，尤其是较多的血容量女性更容易出现月经返流。卵巢功能退化，会出现局部免疫缺陷，在月经期间刚好逆流进入卵巢子宫内膜碎片无法正常清除，最终在卵巢生长并引起巧克力囊肿。
巧克力囊肿是子宫内膜异位症中最常见的一类，卵巢巧克力囊肿随着病程的延长，囊肿内积血的不断增加，囊肿体积也随之增大。当囊腔内积血过多、压力过高时，可撑破囊壁薄弱部分，发生囊肿自发性破裂，囊内流出部分积血，压力降低后，囊壁破口常可自行愈合。
卵巢巧克力囊肿的发病主要原因与分娩，多次流产等有关，产后脱落的子宫内膜种植在宫颈、阴道、盆腔内，以及反复的人工流产术，通过负压吸引至盆腔内。另外，妇科的某些小手术，如输卵管通气或通水，宫颈电烫、冷冻等，都可能使月经期脱落的内膜在此种植，日后形成子宫内膜异位症。内分泌因素、炎症因素、子宫内膜因素，压力过大等都是导致卵巢巧克力囊肿的诱因。
巧克力囊肿是卵巢子宫内膜异位症造成的，有活性的子宫内膜种植在卵巢上，随着月经周期的变化而变化，但是增殖脱落的子宫内膜和血排不出来，久而久之就形成脓肿，由于里面是经血，时间长了看起来像巧克力的颜色，所以叫巧克力囊肿。这是一种子宫内膜异位症，并不是女人都会得。正规公立医院就诊，进一步检查，确诊后在医生指导下正确治疗。
巧克力囊肿是导致女性不孕症发生的常见原因，也是子宫内膜异位症的常见的表现形式。由于内膜开始在女性的卵巢进行生长，但是在生理期的时候这一部分的内膜并不会随着离开自己的，而是在卵巢的位置淤积，随着长在卵巢位置的内膜不断增厚，淤积的内膜会越来越多，使得卵巢的位置出现了囊肿。