巧克力囊肿有很多种临床表现，其因人而异，症状与月经周期密切相关。有25%病人无任何症状。主要症状包括疼痛、盆腔疼痛、盆腔肿块、月经异常、不孕及其他临床症状。因此痛经不是诊断巧克力囊肿的必要症状。另外还有慢性盆腔痛和性交痛。急腹痛常常是由于巧克力囊肿破裂引起的。巧克力囊肿的另一主要症状是月经异常。
左侧卵巢巧克力囊肿可能会出现腹痛，大部分是因为瘤蒂发生了扭转所导致的，可能是发生肿瘤破裂、出血感染所致；腹围增粗；腹内肿物；不孕；月经失调；痛经以及性交痛的症状。
卵巢巧克力囊肿的常见症状，性生活痛、这是卵巢巧克力囊肿最明显的症状，子宫直肠窝阴道后穹隆，宫骶韧带等部位的子宫内膜异位症等均可发生性生活痛，而且常于月经前较为明显；白带异常；痛经；即使没有避孕也不会出现怀孕的情况。
克力囊肿引起管腔闭塞、囊肿或粘连，均会妨碍精子、卵子或受精卵的运行，致使受精卵到达宫腔产生障碍而发生宫外孕。宫外孕时引起的输卵管破裂大出血，可危及生命。巧克力囊肿生长到一定阶段，就会引起输卵管粘连、堵塞，破坏输卵管的正常生理功能，从而导致继发不孕症。适当多吃一些优质蛋白质、B族维生素、叶酸、铁、钙等营养物质，如鸡蛋、猪肝、牛奶、豆类及其制品、新鲜蔬菜、蘑菇、木耳、海带、紫菜、鱼类等。
巧克力囊肿的早期症状是痛经，且呈进行性加重，有的也可没有症状，是由于不孕症，去医院检查时才发现的。巧克力囊肿的症状主要是月经量多、痛经、腹部包块，尤其是会出现性前时疼痛出血。
典型的症状就是下腹痛和痛经，尤其是在月经期间疼痛得更厉害，典型的症状就是继发性的痛经进行性加重。不孕，会改变体内的微环境，导致不孕症的发生。性交的不适，往往是因为性交时碰撞或者子宫收缩上提引起疼痛，一般是深部的性交痛。
