三个月，巧克力卵巢囊肿治疗方法主要采用药物和手术治疗。药物治疗包括：假孕疗法，假绝经疗法等，但只能缓解症状控制发展，停药后，即复发，故对卵巢巧克力囊肿多主张手术治疗，手术治疗包括腹腔镜手术和开腹手术，有生育要求的年轻人，可行囊肿剥离术加卵巢成形术，不需要生育的，行半保守手术，即全子宫切除加患侧附件切除术。
巧克力囊肿手术虽然不算大手术，但术后休息一周，是必须的，要完全恢复，可能需要一个多月的时间。注意休息，注意切口卫生，不要熬夜。多吃新鲜的蔬菜和水果，少吃辛辣油腻刺激性的食物。如出现异常情况，及时去医院治疗。
巧克力囊肿治疗分为中医保守治疗和西医治疗这两种方法，西医治疗是经过手术治疗，在全麻下行手术治疗，手术时间2小时左右。中医保守治疗虽然比较慢，但是不会产生衍生症。
一般卵巢巧克力囊肿就是子宫内膜异位症导致的，另外巧克力囊肿住院治疗应是看看大小的，一般的手术需要住院，大于5cm需要积极手术。调养气血。手术需要保养，住院1-2周比较好的。注意调养生活的习惯，忌辛辣的食物。
对于治疗巧克力囊肿目前的中药疗效也不是太高的，要找一个专业的医生和一个好的治疗方案，服用中药一个疗程看看，如果说一个疗程后仍旧是这么大或者说增大了，那么也不用再保守治疗了，只好选择手术来治疗。多久能治疗好要看怎么选择了。
需要三个月左右才能治好。巧克力囊肿是子宫囊肿的一种，属于良性病变，会伴随有增生、转移、复发等情况的出现，而且会造成痛经、月经失调等，因此建议还是及早治疗比较好，需要服药三个月左右进行巩固治疗，另外需要随时复查。