一般情况下，孕妇怀孕时附件囊肿有以下治疗方法：
附件上的囊肿一般就是指的是卵巢囊肿。卵巢囊肿是一种良性病变，有些生理性的囊肿与激素水平有关系，会在月经后自行消失。有些囊肿不能自行消失反而会增大，这种情况一般需要手术处理，一般考虑是腹腔镜下手术挖除。
建议孕妇在孕期注意饮食均衡，多吃新鲜的水果和蔬菜，以此来补充怀孕期间所需要的各种元素，保证胎儿的健康。
附件囊肿需要看囊肿有多大，需要进一步检查囊肿内有没有实性成分。如果囊肿超过5公分就需要手术，如果不到5公分，就需要化验血和妇科检查，如果检查不是恶性就可以暂时观察，1-2个月再复查是否有增大的趋势。
左侧附件囊性包块，要根据包块的大小，决定选择处理的方式。例如，左侧附件的囊性包块比较小，只有2-3公分，可以进行随访，每三个月或者半年要做彩超看一下。如果包括没有增大的趋势，可以继续的随访观察。如果有增大的趋势，可以选择手术的治疗，也可以口服药物。
双侧附件同时患有囊肿确定为恶性的，要及时手术治疗。如果确定为良性病变，而且囊肿的直径小于5.0厘米，暂时不需要治疗，可以每隔3到6个月复查一次，如果囊肿的直径已经超过了五厘米，应该及时手术治疗。
如果女性附件上的囊肿小于五公分以下，可以采取药物进行保守治疗，药物治疗的原则主要是通过药物来抑制囊肿的生长。如果囊肿大于6cm应该考虑微创手术的。治疗期间要注意清淡饮食，避免劳累，不要从事大运动量的活动和重体力劳动，保持充足的睡眠，不要吃生冷刺激性的食物，以防止影响治疗的效果和病情的加重。
卵巢附件区的囊肿，如果是在5厘米以内可以暂时观察，可以在2次月经干净以后再重新复查。因为很多卵巢囊肿是功能性的，也就是有可能是卵泡囊肿或者黄体囊肿，一般2个月以后就会消失。如果观察2个月，囊肿继续增大或者没有消失，就是卵巢肿瘤，需要做手术。一定不要做剧烈活动，因为卵巢囊肿容易出现扭转。一旦出现扭转，必须要急诊做手术，会出现剧烈的腹痛，时间长了会引起卵巢的坏死，影响卵巢的功能。