卵巢囊肿的治疗方式取决于年龄，是否恶性，囊肿的部位，体积，大小，生长速度，是否保留生育功能以及主观愿望等因素而定。穿刺创伤小，痛苦小，但是复发率高。以手术治疗为主。建议尽快手术切除。
卵巢囊肿之所以要做穿刺，就是为了减少卵巢囊肿复发的几率。
很多女性患者发现自己做了卵巢囊肿以后，都出现了复发的情况，这种情况给了严重的精神困扰。而卵巢穿刺手术主要适用于小的（直径小于7cm）单纯良性卵巢囊肿，包括卵泡囊肿，黄体囊肿，滋养细胞疾患的卵巢黄素囊肿。卵巢穿刺手术是用5mm穿刺针从手术操纵孔放入，对准囊肿无血管区或相对血管最少的区域穿刺，刺入囊腔，吸出囊液，放空囊腔。整个手术过程十几分钟，完全无痛，这样就可以减少复发。
建议：患者要做好计划生育，尽量少做或者不做人工流产，因为人工流产容易导致卵巢囊肿病情加重。
卵巢囊肿在临床上不可以穿刺手术治疗。因为一旦穿刺，如果卵巢囊肿是巧克力囊肿，很可能会使病情加重。如果是其他性质的囊肿，在没有明确诊断之前做穿刺，一旦具有恶性成分，也会使肿瘤进一步扩散。
是做穿刺，一般不是会很疼一点点疼，当然有条件，可以休息一周左右，卵巢囊肿一般不需要做穿刺，只要先观察吃点桂枝茯苓膏就可以。平时定期打B超复查，因为卵巢囊肿一般是良性的肿瘤，只要没有增大就没有关系，如果是在不断的增大，就可以通过手术处理。
如果女性只是因为普通的卵巢囊肿，而行腹腔镜手术治疗，一般在卵巢囊肿手术后3个月可以上班。但如果女性是卵巢巧克力囊肿，由于在手术后会使用曲普瑞林等药物进行肌注，来抑制巧克力囊肿的再次复发。
卵巢囊肿穿刺手术过程就是经阴道穿刺，然后吸出囊液，通常不需要住院，腹腔镜下手术是先放出囊液，然后再利用腹腔镜进行穿刺。卵巢囊肿穿刺手术主要包括经阴道超声下手术和腹腔镜下手术。
