巧克力囊肿的病人一经诊断，建议尽快手术治疗。手术治疗之后可以考虑应用药物治疗，对于预防短期内复发可能有一定的帮助作用。还可以选用激素药，对于预防巧克力囊肿术后短期复发也是有帮助作用的。
巧克力囊肿多指卵巢巧克力囊肿，学名卵巢子宫内膜异位囊肿，此疾病属于子宫内膜的一种病变，腹腔镜检查也是目前临床上诊断巧克力囊肿比较好的方法，其他辅助检查，如影像学检查、血清测定等。
巧克力囊肿治疗方法，电灼治疗：通过电灼来切除子宫内膜的异位病灶。局部治疗：可以缓解巧克力囊肿带来的痛经、不孕、包块以及盆腔结节。手术治疗：又分为保守性手术和半保守性手术，保守性手术可以保留子宫生育能力，清除或破坏病灶半保守性手术，控制疼痛，保留卵巢功能。经腹腔镜治疗：如果使用传统的中西医结合方法效果不明显，手术不易切除病灶的，可以通过腹腔镜手术来治疗。
巧克力囊肿不复发主要有两种办法。第一种办法就是做手术，将病灶全部切除。这种办法几乎是不可行的，因为手术将巧克力囊肿切除的太彻底，容易对卵巢造成太大的破坏，引起卵巢的衰退。第二，人工闭经。在临床当中主要是选用激素类药物，比如米非司酮或者是醋酸亮丙瑞林等药物。
尽快怀孕，怀孕后对巧囊有一定的治疗作用，可以彩超监测卵泡，在医生指导下同房，同房后抬高臀部，以提高受孕的几率。经期避免剧烈运动，避免受凉，避免熬夜，注意经期卫生，少吃辛辣油腻生冷刺激的食物。
如果巧克力囊肿小于五厘米，一般可以选择药物治疗，比如选药物，这些药物进行治疗效果会比较好。同时可以观察，因为怀孕之后巧克力囊肿可能会吸收或消失掉。但是如果巧克力囊肿比较大，大于五厘米，因为很容易导致急性坏死出血，对于的危险是很大的。
