手术的危害更大。人工流产存在子宫穿孔、出血、感染、宫腔残留再次清宫、宫腔及宫颈粘连、慢性盆腔炎、子宫内膜异位症等风险，而保守治疗如果能彻底流干净，这些风险可以避免。但药物流产存在药流不全的几率，同样也增加风险，药流不全可引起大出血，需紧急清宫。同时，出血时间长可引起子宫内膜炎、盆腔炎，长时间的宫腔残留仍需要通过清宫来治疗，就等同于人流的危害。所以不论是药物流产还是人工流产，均具有危害。
宫外孕保守治疗，一般不会对患者的子宫造成太大的影响。
在治疗过程中，要注意个人的卫生习惯，保持外阴的干燥和干净，尽量不要同房。平时要多吃一些富含维生素、蛋白质的食物，比如鸡汤、鱼肉、虾、鸡蛋、豆类、骨汤、牛奶、蔬菜、水果等。另外，要加强对血液HCG的监测，要经常监测出血的数量，如果保守治疗不能有效改善情况的话，可以选择做腹腔镜治疗。
没有那种方法好，只有适合自己的，异位妊娠的治疗通常分为手术治疗和保守治疗，但并不是每个病者都有保守治疗的机会。如果发现得比较早，通常有保守治疗的机会。也都需要住院用药治疗，异位妊娠的治疗办法就是根据情况选择最适合的治疗办法。
宫外孕可以选择保守治疗，保守治疗是优于手术的，但是有些情况是不适合保守治疗的。如果血绒毛膜促性腺激素值小于两千，包块直径小于四厘米，没有破裂及明显的盆腔内出血，生命体征平稳，可以先保守治疗。如果不符合条件，那么应该手术治疗。
需要B超检查后看是否有孕囊及胎心来判定治疗方式，可以去正规医院做B超检查，看异位妊娠的位置及是否有孕囊及胎心，并看孕囊大小等决定治疗方式，如果条件适合，保守治疗伤害小。
宫外孕手术相对于人流术，宫外孕属于大手术，而人流术只是一个小手术，宫外孕手术对身体影响比较大，但这两种手术都是有可能对日后再孕造成一定影响的，因为宫外孕手术可能会切除一切输卵管，降低日后怀孕几率，而人流术有可能会损伤子宫内膜或者导致输卵管粘连，也会影响到日后再孕。