目前，巧克力囊肿好的治疗方法就是通过手术。但是，针对有生育要求的女性，还是要通过药物保守治疗。巧克力囊肿复发率比较高，可以采用一些激素药物，观察药物的副作用，平时生活中也要保持心情舒畅，避免巧克力囊肿复发。
对有生育要求的采用药物治疗并定期随访检查，若症状较重，经药物治疗效果不明显，或卵巢有较大包块，可以采用保守性手术，如卵巢内膜囊肿巧克力液抽吸术，内膜囊肿剥除术或患侧卵巢切除术。
巧克力囊肿可以采用药物治疗和手术治疗两种方式治疗，治疗时一般要根据年龄、对生育的要求、囊肿的大小、病情的轻重来决定是采用药物治疗还是手术治疗，保守性的治疗主要是保留卵巢功能的治疗。
巧克力囊肿的治疗方法可采用药物或手术治疗。除了手术外，尚无一种理想的方法。手术方式有开腹手术和经腹腔镜手术两种。腹腔镜手术是本病的处理方法。饮食要多注意一点，不要吃辛辣食物。
巧克力囊肿是由于子宫内膜异位造成的，多有人流史或者剖宫产史，没有性生活的女性也有可能是经血逆流造成的。可引起进行性痛经和不孕，治疗主要是手术剔除，术后容易复发。
术后注意调整自己的情绪，保持乐观开朗的心态，使机体免疫系统的功能正常，手术后注意增加蛋白质的摄入量。蛋白质可以帮助伤口快速好，可以增加体力。选择鱼类，鱼肉比较容易消化和吸收。注意休息，禁食辛辣生冷刺激东西，适当活动，增强身体抵抗力。