巧克力囊肿手术后为了防止再次复发，术中需要冲洗盆腔，然后注射防止巧克力囊肿复发的药物。一般巧克力囊肿手术后为了防止复发，都是用药物让三个月不来月经，来达到预防复发的目的。
巧克力囊肿是属于子宫内膜异位到卵巢引起的临床表现，子宫内膜异位症是指有活性的内膜细胞种植在子宫内膜以外的位置而形成的一种女性常见妇科疾病。临床常见症状为痛经，月经异常，不孕，性交疼痛等。术后药物治疗是规范月经周期，卵巢早衰与治疗无必然关联性。
巧克力囊肿术后可以应用促性腺激素释放激素类的药物，应用3-6个月，预防再次复发。但是如果出现潮热等，可以反向添加雌激素，以缓解低雌激素的症状，同时可以补充钙剂。这是目前较常用的预防子宫内膜异位症复发的方法。
巧克力囊肿是属于卵巢囊肿的一种，复发几率高。预防应注意调整自己的情绪，保持乐观开朗的心态，注意自身保暖，避免感寒着凉。月经期间，禁止剧烈体育运动及重体力劳动。需要合理饮食、避免应用内分泌药物及激素类药物，还有就是定期复查。
巧克力囊肿属于子宫内膜异位的一种，手术后是很容易复发的，术后可以预防性的注射药剂。可以减少复发的机会。经期不要同床，如果月经量多的话，可以口服止血药物治疗，避免月经量过多导致经血逆流，增加子宫内膜异位症的几率。
服用消炎、止痛、化瘀的药物以及注意个人卫生，饮食尽量以清淡为主，对于辛辣等刺激性食物要忌口，保持心情的愉快，定期到医院复查体检，预防囊肿复发。手术后有分泌物增多、分泌物黄色、出血的现象，不需要过于担心，这些都是属于正常的现象。