巧克力囊肿饮食要清淡、每天补充足量蛋白质、热量和维生素。每天多吃新鲜的水果，多吃些苹果、香蕉、梨。不能吃辛辣刺激、海鲜类，拒绝烟酒，不能吃油炸食品。在月经前后，不能吃过热的汤和蔬菜。合理作息，每周做有氧运动，放松心情。
巧克力囊肿饮食应该注意饮食宜清淡，避免所有冷食。及时补充蛋白质、热量和必要的维生素、矿物质，如鱼肉、瘦肉、牛奶。在月经前后注意吃过热的汤和蔬菜。多吃新鲜的水果和蔬菜，如香菇、大枣等饮食应富含足够的营养，忌辛辣刺激性、海产品等，要控制烟酒。要避免油腻食物的摄入，包括肥肉、煎炸类食物。
巧克力囊肿术后饮食，没有什么明显的饮食禁忌，对于新鲜的水果、蔬菜、鱼、虾、瘦肉、鸡蛋、牛奶均可以食用。但是对于比较特殊的食物，比如豆制品、豆浆、蜂王浆，尽量减少食用或者是不食用。
巧克力囊肿是子宫内膜异位症，这种囊肿影响怀孕，并且可以出现经期腹痛，会逐渐加重。如果是大的巧克力囊肿或者影响怀孕，可以做手术治疗。如果是小的巧克力囊肿，没有明显的痛经，也可以用药物治疗。如果有生育要求，要尽快的怀孕，因为子宫内膜异位症是引起不孕证比较重要的原因，所以随着病情的发展，不孕症的发病率会逐渐升高。卵巢巧克力囊肿做手术很容易复发，如果症状不是很严重，暂时可以保守治疗。
巧克力囊肿特点是容易复发，尤其是对于年轻女性。平时注意保暖，避免着凉，月经期间不要有剧烈运动及体力劳动，控制好情绪，不要生闷气，保持开朗乐观心态。还应注意定期做B超检查，以免复发。
合理的饮食习惯和营养搭配对于巧克力囊肿的康复治疗是非常有帮助的。应该多吃一些具有抗肿瘤作用的食物，例如鲎、绿茶、螺旋藻等，而出血型卵巢巧克力囊肿病人平时宜多食羊血、淡菜、乌贼、荠菜、藕、蘑菇、石耳、柿饼等，伴随腹痛。