巧克力囊肿不是只能手术，暂时没有生育要求的，生过孩子的，病程比较短的，可以用一些药物治疗。注意卫生方面的问题不要久站劳累不要受风寒禁烟酒辣椒等刺激性食物。可以进一步去正规医院妇科进一步检查治疗。
卵巢巧克力囊肿并不是都需要进行手术，到医院进行检查，通过医生的检查之后才能够给出正确的治疗方法，若囊肿直径小于5cm，没有明确症状可以不治疗，可以2-3个月进行一次复查。若随访中发现囊肿增长较快，手术剔除囊肿并做病理检查。
手术后2个月内复查。如果你想检查卵巢囊肿，通常在月经干净后通过b超检查。与上一个结果相比，是否有渐进增长。如果典型的卵巢子宫内膜异位症囊肿可以通过病史、妇科检查结合B超诊断，但这不是金标准。其实有些卵巢子宫内膜异位囊肿的诊断比较困难，甚至需要腹腔镜诊断。
巧克力囊肿复发的时间是不确定的。如果巧克力囊肿的病人术后没有给予相应的干预，绝大多数都会出现复发的情况。主要是因为巧克力囊肿由具有活性的子宫内膜细胞种植在卵巢，才引起的这种囊肿，手术很难把这种活性细胞完全根除掉，所以就会复发。避免复发可以在宫内上节育环。
巧克力囊肿最大的症状就是痛经，也可以表现为不孕，月经异常等其治疗需要根据年龄，症状以及生育要求等全面考虑，病变轻微，症状不明显的可以随访观察，痛经明显地可以药物治疗，有生育要求的可以采用保留生育功能的手术治疗。属于需要保留生育功能的，可以采用能够保留生育功能的手术方式，切除患病部位保留卵巢，既保留了生育功能，又保留了卵巢功能。
巧克力囊肿是由于子宫内膜异位症导致的，是因为一位的子宫内膜随着月经周期发生周期性出血，但是血液无法正常排出，所以局部会出现肿大和疼痛，囊肿内的血液因为长期不能排出呈巧克力状。巧克力囊肿一般选择的是腹腔镜手术切除，属于微创手术，术后身体恢复较快，费用2千-3千元。