手指甲上有小坑多考虑有真菌感染，继续发展下去，指甲会出现灰指甲等真菌性甲藓。可以外用药，有脚气的话，早点治疗脚气，避免用手指甲接触有脚气的脚。避免吃辛辣油腻刺激性食物，不要吃海鲜和牛羊肉。
银屑病早期，很多病人的指甲表面可以出现一些凹陷，而这些凹陷相对独立，密集排列，所以有人称为顶针状外观。真菌感染，也就是平常说的灰指甲，在灰指甲的早期，也可以出现一些点状的坑。另外，其他疾病比如扁平苔癣，也可以在指甲表面出现小坑，而且逐渐增多。除此之外，还有甲营养不良，也可以在指甲表面出现不同的坑。
建议检查微量元素是否是缺乏和是否是寄生虫感染，尤其是缺铁和缺锌的可能，当然寄生虫感染也可能导致缺铁和缺锌的可能的，针对性治疗才行的啊.如果是寄生虫感染首先应该是驱虫治疗。
手指甲有针眼状小坑可能与缺乏维生素、甲癣等原因有关，建议对症治疗。具体分析如下：
1.缺乏维生素：如果手指甲缺乏维生素，甲床营养不良，可能会出现针眼状小坑，同时还可能伴有指甲变厚、甲床分离等情况。建议平时可以多吃鱼、虾、牛奶、胡萝卜等食物来改善症状。
2.甲癣：甲癣是皮肤癣菌侵犯甲板及甲下而引起的疾病，一般表现为甲增厚、甲质松碎、刺激性小坑等。建议患者可以通过激光治疗使用激光照射在局部，通常对病原菌有一定的抑制作用，能够改善症状。
指甲上有凹陷的小坑称为甲凹点，长期存在的指甲凹点一般多见于银屑病，扁平苔藓和慢性湿疹，以及斑秃皮炎，指甲真菌感染都容易引起这样的症状。如果没有这些伴随疾病，有些长期美甲的人也可能出现。
平时可以根据病情辨证的不同多吃蔬菜水果补充的维生素，多吃含钙高的食物调理，如果有颜色改变或者其他症状，建议及时去附近医院进一步的检查。指甲凹变，指的是指甲上出现一些横纹、竖纹以及斑点等。指甲如果有横纹竖纹凹陷小坑多考虑平时缺乏维生素微量元素低钙等一些病因而导致的，和平时饮食偏食，平时饮食不规律都是有直接的关系。
