肛门湿疹是由多种原因引起的。如平时不注意个人卫生，还有工作环境潮湿，生活习惯不良，工作性质导致久坐不起，这些都会引起肛门湿疹的。目前患者需要改正生活习惯，不要用手抓，以免引起感染。
肛门湿疹和某些慢性消化系统疾病、胃肠道功能障碍、精神状态紧张、失眠、过度疲惫不堪、情绪波动以及新陈代谢障碍、内分泌功能失调等，均可引起或加重湿疹的病情。此外，肛瘘、肛裂、痔疮等也可引起肛门湿疹问题。
受其他疾病的影响。若是有痔疮和肛瘘等肛肠疾病，当症状恶化时，一些分泌物和脓液会刺激肛门。另外，如果患了糖尿病、汗腺炎等全身性的疾病，若长期得不到控制，也会引起肛门瘙痒，从而引发肛门湿疹。受到年龄因素的影响。随着年龄的不断增长，一些年纪较大、或身体较为虚弱的人，由于抵抗力下降，很容易出现肛门湿疹，这主要和肛门括约肌的正常功能退化，从而更易患上肛门湿疹。
发病原因很复杂，有内在因素与外在因素的相互作用，常是多方面的，外在因素如生活环境、气候条件等均可影响湿疹的发生，外在刺激如日光、紫外线、寒冷、炎热、干燥、多汗、搔抓、摩擦以及各种动物皮毛、植物、化学物质等，有些日常生活用品如香脂等化妆品、肥皂、人造纤维等均可诱发湿疹。
虽然现在人们的生活水平提高了，可是抵抗力却下降了，禁不起任何疾病的入侵，肛门湿疹就乘虚而入了饮食因素：经常辛辣刺激的、油煎的、海鲜类等食物，也是很容易引起肛门湿疹的。过敏原因：在生活中，人们可能不经意间就会接触一些过敏原，比如人造纤维、染料、花粉、羊毛等，或者在饮食方面，也是会引起过敏的，都会引起肛门湿疹的。
肛门湿疹可能是一种复杂、迟发性的变态反应，也可能是局部病变造成的，也有可能是神经系统功能障碍。
局部病变如内外痔、肛瘘、直肠脱垂、大便失禁等;或者是疾病因素，如糖尿病湿疹样皮炎，消化功能紊乱会造成吸收功能失常，而且在营养物质方面，如果有缺乏，或者是肠道寄生虫病等;可能是刺激性因素，如碘酒、酒精、强酸、强碱等。当机体处于过度疲劳、精神紧张、压抑或失眠的情况下，容易引起湿疹，或是使湿疹症状加重。神经系统功能障碍，特别是植物神经失调时可能会诱发湿疹。
建议通过中药物来进行治疗，也可以通过使用西药或者是外用的软膏来进行治疗。通过外用的药物能够直达患处，更好地对患者进行治疗，也可以对肛门的皮肤患处进行止痒消肿。