毛囊炎的治疗要因病施治，因为毛囊炎的原因，包括细菌、真菌以及刺激，还有原因不明等。对于细菌性的毛囊炎，主要以抗生素软膏为主，对于真菌性的毛囊炎，以抗真菌药物为主，而对于刺激性的，以消除刺激因素为主，如果由搓澡、剃须不当等引起的，应去除刺激因素。
毛囊炎在治疗上首先要注意保持清洁，饮食要清淡，不要吃辛辣刺激和太油腻的食物，局部可以外用抗生素软膏。毛囊炎主要是金黄色葡萄球菌感染引起的毛囊疾病，表现为毛囊根部出现疼痛的丘疹脓疱。
毛囊炎有不同的类型，不同的类型病因不一样，毛囊炎有细菌性的毛囊炎、马拉色菌毛囊炎及嗜酸性毛囊炎。细菌引起的毛囊炎根据轻重选择局部或者系统的使用抗生素治疗。
毛囊炎的治疗方法：以消炎、杀菌、干燥为原则，可以用一些有杀菌效果的药物治疗；紫外线有杀菌消炎的作用，可治顽固、反复发作的毛囊炎。除急性炎症期外，可采用紫外线或超短波照射治疗，每次20分钟，每周3次。
会阴部位由于环境闷热潮湿，比较适合细菌生长，表现为毛囊根部出现红肿疼痛的丘疹脓疱。平时要注意会阴部位的清洁，皮损发作时局部忌用水洗，避免搔抓，皮损部位应将毛发剪短，局部可搽杀菌、止痒的药物。
毛囊炎是由于葡萄球菌感染发生的炎症。初起局部红肿、疼痛，数日后中间出现黄白色脓栓，继而软化破溃，脓液排出炎症减轻。用软膏擦患处。患处的衣服、洗澡用的浴巾和其他人的分开防止交叉感染，治疗期间辛辣、海鲜、牛羊肉不要吃，多吃金针菜、胡萝卜、菠菜等维生素A、维生素B含量多的食物，忌烟忌酒不要熬夜。