怀孕和巧克力囊肿没有冲突，巧克力囊肿患者怀孕对胎儿没有影响，怀孕后也不会来月经。
所以子宫内膜异位症引起的巧克力囊肿病灶可能会缩小，巧克力囊肿基本不会增大。但是，在怀孕期间，患者还需要定期进行b超检查巧克力囊肿。如果子宫增大压迫巧克力囊肿，导致巧克力囊肿破裂或巧克力囊肿蒂部扭曲，导致剧烈腹痛，患者需要到急诊科手术就诊，巧克力囊肿可以通过切除治愈。同时，患者需要应用药物保护胎儿。
有巧克力囊肿并不意味着无法怀孕。巧克力囊肿又称卵巢子宫内膜异位症囊肿，是引起痛经以及不孕不育的常见因素。如果是比较小的巧克力囊肿，临床症状不典型时可以先尝试怀孕，是有几率成功怀孕的。但是如果巧克力囊肿比较大，或者引起明显的痛经症状时，建议应该先进行手术治疗，同时在术后使用药物才能够提高术后的受孕概率。
巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种病理表现形式，即子宫内膜正常应该在宫腔内，但是有一部分内膜异位到卵巢，所以巧克力囊肿里面都是血液，子宫内膜异位不容易怀孕，囊肿小可以行中医治疗，囊肿大建议行西医治疗。
会有影响。巧克力囊肿是卵巢子宫内膜异位症，卵巢是子宫内膜异位症比较常见的累及部位。子宫内膜异位症的典型表现就是继发性痛经并且渐进性加重，可以导致不孕症，比较大的囊肿需要手术治疗。
卵巢囊肿穿刺检查治疗本身对于妊娠是没有什么影响的，但卵巢本身可能会引起出现排卵异常和导致不孕的情况。卵巢囊肿的治疗原则在意一旦发现要及时给予手术治疗。仅仅是比较小的卵巢囊肿对于妊娠是没有什么影响的，穿刺后是不会影响怀孕的，所以在穿刺后是可以生小孩的。