恶性的贫血，手部的慢性湿疹，银屑病，扁平苔癣等皮肤病，病程较长会导致指甲变形，出现凹陷以及顶针甲等情况的。另外甲营养不良，咬甲癖也会导致指甲出现凹陷和凹凸不平的情况的。
手指甲凹陷是一种常见的甲畸形，多称作匙状甲或反甲，以甲板变薄，中央凹陷而周围隆起呈匙行为特征。可能是工作时长时间接触强碱性肥皂或石油产品所导致的。也可能是某些皮肤病如湿疹、扁平苔藓、冻疮、黑棘皮病、斑秃等，以及一些系统性疾病如甲状腺功能亢进或低下、梅毒、冠心病、风湿热、伤寒等导致的手指甲凹陷的现象。
可能是由于缺乏微量元素引起的，还可能是由于肝肾功能缺乏、贫血、体内有淤血而引起的。但是也不排除指甲受到一些外伤而造成的。同时还可能是由于甲沟炎、心脏病等引起的一些病发症。
如果年龄大了之后，有可能会导致肝肾亏虚，同时还有营养不足，有可能会导致手指甲出现凹陷，可以看一下中医，用一些补益肝肾补气血的中药调理，指甲若有白色的斑点，表示肝肾亏虚;若起坑纹，是神经虚弱的先兆;指头若有倒刺，多半是心火旺盛.。
钙缺乏、铁缺乏、锌缺乏等，但它不是绝对的。根据其他表现，可以适当补充钙、锌，多吃富含铁的食物，注重强化营养，合理膳食结构。每年至少检查一次，看看是否贫血，是否缺乏维生素和矿物质。
可能包括钙缺乏、铁缺乏、锌缺乏等，这只一种猜测，但不一定就准确，可以适当补充钙、锌，多吃富含铁的食物，注重强化营养，合理膳食结构。如果不见好转就要去医院做检查了，建议每年至少检查一次，看看是否贫血，是否缺乏维生素和矿物质。