肛瘘的鉴别诊断主要应当与肛门直肠周围常见疾病进行鉴别。比如肛周脓肿，也是一种感染性疾病，病情相对比较急骤，可伴有局部红肿，疼痛及波动感。其次，肛瘘也应当与肛裂进行鉴别，肛裂通常表现为便秘、便血和疼痛症状，肛门周围没瘘口存在。肛周皮脂腺瘤感染破溃之后与也不容易与肛瘘相鉴别，在详细检查之后，可以发现前者并没有与直肠腔内相通的内口。
检查是否有肛痈病史，观察肛周有外口，常有脓性分泌物或粪汁流出，时觉瘙痒。皮下有条状硬索（即管道)由外口通向肛内，并在齿线相应部有内口。只有一个外口，一个内口，一条管道，且管道位于肛管直肠环以下，为低位单纯性肛瘘。具有两条以上管道，位于肛管直肠环以下，且外口或内口有两个以上，为低位复杂件肛瘘。
鉴别高位肛瘘和低位肛瘘要看肛瘘的位置偏高或偏低，高位肛痿与低位肛痿的区别在于，高位肛痿是指痿管已经达到坐骨直肠间隙，或者骨盆直肠间隙。低位肛瘘是指瘘管的位置比较浅，多在括约肌间隙，皮下脂肪间隙，或者肛门后间隙。两者手术方法不同，高位肛痿手术比较复杂。高位肛瘘一般比较复杂，通常可能有2-3个甚至更多的外口。低位肛瘘通常只有1个外口。
肛瘘的临床表现是外口反复流出少量的脓性分泌物或者粪水，分泌物时多时少，由于分泌的刺激可引起肛周皮肤瘙痒，有时还有气体从外口溢出。如果外口关闭，由于引流不畅可再次出现肛周脓肿的表现，如局部的红肿热痛，严重者可出现发热，乏力等全身中毒症状。
宜食富含纤维素的食物，忌食辛辣、油炸食品，保持排便通畅。肛瘘是一种严重的肛门疾病。这种病同痔疮一样，会严重影响正常工作与生活。因此，如果患上肛瘘，需要及时到医院进行治疗。