卵巢囊肿需要观察，在下次月经干净的第3天到第5天复查彩超。是生理性的囊肿，是所谓的黄体囊肿，在月经来潮之后会消失的。月经干净之后持续存在，还是需要是随访观察等。
卵巢囊肿分很多种，如果是生理性的，属于正常现象，不需要做特殊的处理，但如果是病理性的，就需要做手术。生理性的囊肿，包括卵泡、黄体，小于5cm，以良性为主。但如果是病理性的囊肿，指直径大于5cm，或者持续存在三个月左右。
生理性卵巢囊肿包括卵巢潴留囊肿、黄体妊娠囊肿。生理性囊肿一般初次发现，病程短，一般月经干净后复查彩超可以消失。病理性卵巢囊肿一般病程持续半年以上，做彩超可疑卵巢子宫内膜异位囊肿，或卵巢畸胎瘤或交界性肿瘤或卵巢癌，一般需要手术治疗。
对良性、非赘生性、囊肿的直径大小在5厘米以内，又无任何症状的卵巢囊肿，不必作特殊处理，大部分可被机体吸收，自然消失。如果囊肿的大小超过5厘米，定期观察时有发展趋势，或囊肿发展快、增大明显，则应入院手术治疗。手术为卵巢囊肿切除术，输卵管卵巢切除术，附件及全子宫切除。
巢囊肿一般是内分泌失调引起的，属于良性病变，生长缓慢，如果小于6个厘米，可以先观察，暂时不用手术治疗。建议平时养成良好的生活习惯，适当锻炼，增强体质，肥胖，适当减肥，过度肥胖对卵巢功能是有影响的。保持良好的心情，不要过度紧张。
如果卵巢囊肿的直径小于5cm，可以临床观察，定期复查。如果卵巢囊肿的直径稍大于5cm，没有不适的感觉，可以口服药物医治。如果卵巢囊肿比较大，直径超过8cm，或者突发卵巢囊肿蒂扭转，亦或怀疑有恶变倾向，则需要手术治疗。手术可以行卵巢囊肿剔除术，卵巢切除术，附件切除术等多种术式。
