原发性生殖器疱疹的潜伏期较短，一般为2至7天，平均5天。
　　
男性容易多发部位：于龟头、阴茎、尿道口、阴囊和大腿、臂部等处，女性容易多发于阴唇、子宫颈、外阴等处，阴道粘膜受累较少。
　　
皮损形态及演变：GH感染的潜伏期后，上述部位即有烧灼感或刺痛，随即出现红斑伴群集瘙痒的小红丘疹，并迅速变成小水疱，多个成群水疱可变为脓疱。3~5天后小疱破溃，形成糜烂或溃疡，而后结痂痊愈，病程约15~25天。患者自觉瘙痒、灼热和轻度肿胀，溃疡处疼痛明显。

全身症状及并发症：发病前夕或发病时可有全身症状，例如发热、头痛、不适、颈项强直感、S2 ~ S4 段感觉异常，或有排尿困难和白带增多，几乎所有原发性GH均可伴有淋巴结肿大、压痛，往往1~2个月后才缓慢消退。男性常并发淋巴管、淋巴结炎和精囊炎，女性可并发宫颈炎、子宫内膜炎。严重者可合并脑膜炎、尿道炎、急性尿潴留和宫颈癌。