副作用有突破性出血，阴道点状出血，体重增加或减少，乳房肿胀，恶心，头晕，头痛，倦怠感，发热，失眠，过敏伴或不伴瘙痒的皮疹，黑斑病，黄褐斑，阻塞性黄疸，肝功能异常等。发胖是比较少见的副作用，短期服用黄体酮是不会发胖的。
孕酮是一种天然雌激素，如果摄入过多，会导致体内雌激素水平升高，子宫内膜增厚，从而导致月经量增加。药物的应用必须在医生的指导下进行。黄体酮的补充需要首先进行六次女性荷尔蒙测试。根据检测结果，只有当雌激素水平较低时，才会服用孕酮。孕酮的具体剂量需要根据激素测试结果进行调整。
孕妇是不能长时间或者大量服用这种药物，如果超剂量服用，也会影响宝宝正常发育。把药物的用量控制在正常范围之内，配合医生医嘱进行服用，就不会有事。黄体酮是天然孕激素，怀孕期间吃黄体酮对宝宝是没有影响，怀孕以后，如果孕期黄体酮的数值降低，严重者是会引起先兆性流产，就需要配合服用黄体酮进行保胎。
该药的副作用包括以下几方面，首先长期注射黄体酮可能会引起胎儿畸形，例如造成女性胎儿男性化或者增加脊柱裂的风险，其次打黄体酮可能会造成水钠潴留，引起孕妇体重增加，组织水肿。然后打黄体酮可能会引起患者头晕以及恶心呕吐，主要是由于黄体酮有舒张颅脑血管以及刺激胃肠道的作用。
注射黄体酮，短期内会出现偶尔的恶心，呕吐，头痛等。如果长期饮用可能会引起胃肠道症状，同时可引起过敏，痤疮或者是月经紊乱。如果不是由于黄体功能不足的情况下，一般都催不来月经。
