卵巢囊肿的治疗方式取决于年龄，是否恶性，囊肿的部位，体积，大小，生长速度，是否保留生育功能以及主观愿望等因素而定。穿刺创伤小，痛苦小，但是复发率高。以手术治疗为主。建议尽快手术切除。
是做穿刺，一般不是会很疼一点点疼，当然有条件，可以休息一周左右，卵巢囊肿一般不需要做穿刺，只要先观察吃点桂枝茯苓膏就可以。平时定期打B超复查，因为卵巢囊肿一般是良性的肿瘤，只要没有增大就没有关系，如果是在不断的增大，就可以通过手术处理。
卵巢囊肿不能不治疗，卵巢囊肿长期不治疗的危害有：卵巢囊肿容易使血管扭转，血液供应闭塞，进而造成脏器的坏死；卵巢囊肿容易发生破裂造成腹腔污染、引发炎症，引起腹痛、发热等症状；卵巢囊肿可以造成合并感染；卵巢囊肿可能引起女性不孕或宫外孕；卵巢良性的囊肿有癌变的可能。
卵巢囊肿穿刺一般是在超声引导下经阴道后穹隆进行穿刺，很少有经腹壁腹腔穿刺，要注意穿刺方向为阴道后穹隆进针，采用与子宫颈管平行的方向，不能过分向前或向后，以免针头刺入宫体或进入直肠，穿刺深度要适当，一般是在超声引导下进入囊肿里面即可，过长可能穿透囊肿进入盆腔器官或穿入血管。吸出的囊肿内液体要单独保存，需要送检。
如果直径超过5cm的卵巢囊肿，药物治疗或者随访观察两个月之后没有变小，患者是一般需要进行手术治疗，所以卵巢囊肿在8cm做不手术通常不可以，没有明显的效果，囊肿可能会逐渐变大，压迫小肠、子宫等周围的脏器，容易影响患者的正常生活，甚至还会有恶变的可能。卵巢囊肿患者可根据囊肿的不同情况，选择囊肿剔除术或者卵巢切除术。
卵巢囊肿不是很严重的疾病的表现，手术穿刺明确内含物的情况之后可以休息一些时间，卵巢囊肿穿刺手术后在一个月之后同房不是很大的问题，但是同房之前的时间还是需要到医院复查效果。