卵巢巧克力囊肿通常是可以治好，但是在治好以后有可能再次复发。尤其是双侧卵巢巧克力囊肿，而且囊肿又比较大的时候，即使是行腹腔镜手术将囊肿切除，在手术后半年以上有可能再次出现巧克力囊肿。这可能是由于异位的内膜，在手术的时候没有彻底剥离干净，而在手术后卵巢又会分泌雌孕激素，所以就会导致异位病灶再次复发。
巧克力囊肿可以服用中医调理，然后配合针灸治疗，常取气海、关元、三阴交、阴陵泉、足三里、血海等穴治疗，一般体质可用电针，严重虚寒体质可用针上灸艾粒治疗，治疗时间以月经前即月经来前几天为主，有需要月经后也可以加强针灸。
巧克力囊肿根据现在囊肿的体积采用不同的治疗，较大的囊肿，药物是不能解决问题的，需要配合其它的治疗，囊肿小你可以住院观察一段时间，增大就通过腹腔镜手术切除，巧克力囊肿单纯的口服药物是不会起到很好的效果的，平时多注意休息，忌辛辣食物。
生理原因：因为内膜是在卵巢生长的，所以在生理期的时候，内膜并不会随着离开，而是在卵巢位置淤积，使卵巢位置出现囊肿。分娩、人流次数过多：因为巧克力囊肿是由月经期子宫内膜碎片引流不畅导致的，最后就会影响月经血从阴道流出。
巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种病变。去正规医院检查一下，通过情况具体的分析。一般没有受到感染是不会引发囊肿快速生长的。巧克力囊肿治疗的方法分为药物疗法和激光疗法。另外如果保守治疗，效果不太好，可能需要做手术治疗的。
巧克力囊肿请到妇科内分泌挂号，如果是专科医院，考虑挂女性不孕科。巧克力囊肿检查的时间是在月经完全干净7天之内。应该到正规的不孕不育医院查明病因，针对性的制定合适的治疗方案。切勿盲目治疗。以免耽误治疗时期。