巨细胞病毒性肺炎的治疗基础是早期抗病毒治疗，早期治疗有助于控制病毒复制，减少并发症。其次，免疫球蛋白、糖皮质激素也有一定治疗作用。重症患者可能需要呼吸机辅助通气。
一、急症治疗
巨细胞病毒性肺炎病情重、进展迅速，对于出现氧气分压下降、吸氧无明显改善及发生急性呼吸窘迫综合征的患者，须尽早使用无创呼吸机。使用无创性呼吸机无效时，可改用有创性呼吸机。
二、药物治疗
抗病毒药物：1、更昔洛韦：为临床首选的抗巨细胞病毒治疗，用法为静脉滴注，疗程2~3周，再根据病情可适当延长。副作用有白细胞及血小板减少、心律失常、低血压、呼吸困难等，甚至会加重原有病情。
2、膦甲酸钠：为治疗巨细胞病毒性肺炎的二线用药，特别是患者对更昔洛韦耐药时，就需要使用足量膦甲酸钠单独治疗或与更昔洛韦联合治疗，其药物副作用主要是肾毒性。
3、其他抗病毒药物：如西多福韦、来氟米特等被报道可以治疗更昔洛韦耐药的肺炎，但尚处于临床试验阶段，临床开发前景尚不明朗。
4、免疫球蛋白：虽然免疫球蛋白治疗巨细胞病毒性肺炎仍存在争议，但临床上免疫球蛋白可增强患者免疫力，减少免疫相关的肺部损伤，因此抗病毒药物联合免疫球蛋白是临床上治疗巨细胞病毒性肺炎的一线方案。
5、糖皮质激素：糖皮质激素可通过多个方面改善病毒性肺炎患者的肺部情况，在疾病早期存在一定疗效。
三、手术治疗
巨细胞病毒性肺炎一般无需手术治疗。
四、其他治疗
1、如果由于器官移植药物而导致免疫系统下降，则可能需要调整抗移植排斥药物的剂量。
2、如果患者正在接受慢性类固醇治疗，则在医师分析风险和收益后，可能考虑停用类固醇药物。
3、巨细胞病毒特异性的CD4+及CD8+T淋巴细胞的应用、B型巨细胞病毒糖蛋白疫苗的注射等可能会在免疫抑制治疗中发挥有益的补充作用，但是临床上暂未大规模开展。
