对慢性及急性肛裂经治疗无效者，则应选择手术治疗。手术疗法大致有以下几种方法：
①切除术：适用于Ⅲ期或慢性肛裂，术后效果好，极少复发。
②后方内括约肌切开术：主要目的是消除内括约肌痉挛。
③侧方内括约肌切开术：主要目的是减少和防止肛门功能不良。
④肛管扩张术：主要用于各种原因引起的肛管弹性消失和收缩，括约肌功能不良，发生的器质性狭窄。
⑤V-Y肛管成形术：适用于肛管皮肤缺损及明显狭窄的肛裂。
⑥肛门周围皮肤裂治疗：应依据病因病情来选择手术与否。
⑦肛裂并有Ⅰ期或小型Ⅰ期内痔：应先做侧方内括约肌切开术，肛裂治愈后再注射治疗内痔。
⑧其他疗法：如激光、电灼治疗等等。