加入ＷＴＯ,对我国的医药产业的影响可谓是全方位的：关税降低、非关税壁垒措施的削减乃至取消，WTO基本原则的作用，外资进入引发直接投资潮等均会产生一定影响，但对医药产业影响最大的应属与贸易有关的知识产权保护。
医药知识产权是指一切与医药行业有关的发明创造和智力劳动成果的财产权，其包括五大类：1、专利和技术秘密；2、商标和商业秘密;3、涉及医药企业的计算机软件;4、由医药组织人员创作或提供资金、资料等创作条件承担责任的有关编辑作品的著作权;5、同其他单位合作中涉及研究开发、市场营销、技术转让、投资等与经营管理有关的需要保密的技术、产品信息和药品说明书等。
医药产业的持续发展依靠着新技术、新产品的强有力支持。而新产品利润回报也是巨大的。新药利润一般为销售额的30％以上，所以这种巨额回报迫切需要保护。如不实行保护，造成重复研制，资源浪费，易于形成市场恶性竞争生产盲目无序，更不利于医药产业的技术进步。
入世与否，对知识产权保护的影响均已存在，只是入世后这方面的冲击将更加迅猛，范围更大。面对着复杂的国际医药市场激烈的竞争环境，让我们首先来看一下我国医药产业知识产权方面存在的差距：
１、医药企业缺乏创新的动力和压力
在高度集中的计划体制下，我国医药企业无法自主安排生产，缺乏必要的市场意识。长期的仿制方式虽然节约了大量的研制新产品的资金，但企业形成了“多快好省”的仿制体制，缺乏创新的动力和压力。
２、医药企业的R&D能力弱
目前我国的医药企业尚未成为R&D的主体，能够进行高技术开发的企业不多，而且能够进行高技术开发研究的企业能力亦比较弱，有些企业甚至对企业的R&D的重要性认识不足，过分依赖仿制，或过分依赖引进，缺乏二次开发的能力。
3、医药企业R&D投入少
医药产业被称作为高科技产业，其具有高度知识技术密集、高度资金密集、附加值高、社会效益好、风险大、增长快、产品寿命周期短等高技术产业的基本特征。从世界500强中医药企业的发展轨迹和经验来看，医药产业需要新产品维护其继续发展。而医药企业R&D的投入成为产业发展力量之源。国外大型跨国公司每年用于新药R&D的投入基本上占销售额的15%-20%。我国医药企业R&D的投入比例太低，通常为1%，且无法保证1％专款专用，进一步削弱R&D能力，牺牲了医药产业的内涵式扩大再生产。
４、医药产业缺乏风险投资机制
风险投资机制成为世界上任何高技术产业发展的重要催化剂。但我国长期R＆D尤其是前期的投入以国家投入为主，缺乏风险投资基金的支持。由于没有风险投资，有些企业即使有好技术，也没有资金对其商品化；即使有好产品，也没有财力使其不断更新换代。美国硅谷的成功经验，或扩大一点说，美国的知识经济的成功得益于风险投资机制的形成、完善。
５、高科技产品的商品化、产业化差
一方面科研经费十分匮乏，一方面，宝贵的科研资金却没有产生最大效益。集中大量人力、物力、财力所获得的科研成果，有的束之高阁，有的自行消失，造成长期投入高、产出低的局面。目前，中国高技术商品化率为25％，产业化率仅为７％。
６、技术创新意识不强，手段落后，设备陈旧
长期以来，我国医药界一直“仿制”国外产品，传统的习惯造成了我们的科技人员技术创新意识不强；中国的教育体制又不能很好鼓励学生去创新，死读书、读死书的现象十分普遍；我国的网络技术普及程度较国外存在较大差距，信息服务工作滞后，使得创新手段落后；由于科研仪器设备若干年一惯制，大大降低了工作效率。
７、高科技人才瓶颈
人才是高技术企业最重要的资源。
中国人口众多，但高科技人才却不多。本身医药教育界培训的人才都无法满足医药产业的发展，而且近年来中国高科技人才外流严重。随着改革开放进程的不断加快，大量人才纷纷出国或去外企，在财大气粗的外国老板面前，中国不少国有企业变成外企培养人才的大学校。
人才断层，后继乏人是中国高技术产业发展的潜在危机。
８、缺乏具有创新意识的企业家和企业家精神
由于技术创新是一个技术与经济相结合的完整过程，创新项目的确定及其实施，需要有既懂技术，又懂生产经营，既有战略眼光和创新精神，又有组织才能的企业。我国企业的厂长、经理大多由政府部门任命，直接向上级负责，管理者本身与企业的利益（特别是长期利益）没有根本的联系，这就造成了相当多的厂长、经理对企业没有远大的抱负和责任心，更难以成为具有创新意识的现代企业家。
９、其他
分配领域的脑体倒挂，企业相对封闭，有关政策法规不完善，保护机制不健全，国家缺乏有效的技术创新规划和实现宏观调控机构，传统产业支撑，市场意识等。
针对这些差距，怎样才能进一步完善医药知识产权保护体系呢？
１）、集中力量，突出重点
企业规模偏小，R＆D投入较少，使得企业的人、财、物要形成一个拳头，集中投入，联合攻关，发挥自己的优势，抢占制高点。如重点发展中药现代化，从而使我国中药产品走向国际市场。
２）、政府加大政策上的扶持
政府在技术政策、产业政策、组织政策、税收政策、金融政策、人才政策、进出口政策以及投资、采购和国际合作等方面介入，在政策上对企业的知识产权保护予以扶持。如处理好新产品R＆D与医疗体制改革的关系、新产品与基本药物目录的关系等。
３）、建立投入风险机制，注重风险投资家的作用
就目前中国的国力而言，短期内要靠国家大幅度增加产业发展的投入是不可能的。因此，借鉴发达国家经验，大力发展风险投资，充分发挥其催化作用，加快中国医药产业发展步伐，已成为中国医药产业发展的必然选择。
有人说，高科技产业与风险投资资金是一对孪生兄弟。高科技产业的突出特点是高投入、高风险、高效益，而风险投资正好通过汇集社会闲散资金实现高科技产业的高投入，分担了高科技产业的高风险，共享了高科技产业的高收益。医药产业是公认的高科技产业之一，所以医药产业的发展也要有赖于风险投资资金的介入。
有了优秀的创业者，有了好的科技成果，更必须要有“慧眼识珠”的风险投资家，否则真有可能是“好酒也怕巷子深”。要注意发现风险投资家，充分利用他们优秀的个人素质、深厚的技术背景、丰实的市场信息、大量的管理经验、高超的金融运作本领，发挥他们的作用，为中国医药产业的腾飞插上翅膀。
４）、加强信息服务工作，减少科研重复投入
充分利用现代通讯、网络技术，认真做好医药产品的信息工作，可以成立专门服务于医药产业的医药信息服务公司，通过他们的辛勤工作，避免国外已经专利公告而我国企业还在埋头实验室研究的尴尬局面，减少科研重复投入。或通过利用专利的新颖性等特殊要求对一些外国专利产品提出异议，突破知识产权保护的限制，有效地保护自己。
医药信息服务工作的加强，还可以促进高科技新产品的产业化，迅速形成生产力，促进产业的科技水平、产品的技术含量、市场竞争能力的提高。
５）、企业要成为新药研究的主体
国外大型跨国医药公司已成为世界新药研究的主体，承担着推动世界新药发展的重责，巨额的资金投入、优秀的科技队伍、精良的仪器设备、完善的创新机制等使得这些公司可以做到“生产一代，开发一代、研究一代、构思一代”，新产品层出不穷。Merck公司有5000名科学家工作于７个国家８个自己公司的研究所，从事着新药研究，保证着医药巨头的地位。
企业应以市场为导向，以产品为核心，以品质为保证，以服务为手段，成为市场上的佼佼者。国家的投入今后主要投入基础性研究，应用开发性研究应由企业承担。当然，目前我们的企业规模太小，历史形成的产学研的分离客观上对企业成为新药研究主体形成一种屏障，因而就要求我们的企业按照市场规律进行联合、兼并、做大做强，形成科工贸一体、产学研结合的现代医药企业。
６）、强制企业加大R＆D投入力度
没有风雨，怎见彩虹；不知痛苦，怎知幸福。
国家在医药企业的GMP改造、达标、认证工作中，采取了多项配套政策，使得我国的GMP水平大幅度提高，也为医药产业参与国内、国际市场竞争打下了好的基础，尽管认证工作任务艰巨，但已见到美好的前景。
通过医药企业GMP工作的历程，可以看出，如果国家强制执行某项政策，一定会产生深远的影响。可以设想，国家明令企业加大R＆D投入，规定与产业发展相适应、与国际接轨的投入比（不可太低），企业可以借知识产权保护大旗，独步该产品之天下 ，形成控制医药市场，杜绝恶性竞争的局面。
企业 R＆D投入加大，并非意味着要求我们的企业全部去自行研制新药。据报道，购买一个国外专利新药约需500万美元，即折合成人民币4000多万。若以年销售额20亿人民币的公司，R＆D年投入比1％计，两年才能有一个新药，其中还不包括可能购买的其他know-how技术。因而适当提高R＆D比才能永葆医药产业青春。
７）、模仿性创新（me-too)仍是重要的新产品R＆D手段
一谈起知识产权保护，人们可能就会想到新药。但新药的研制有两种思路。一种是独创某种新药，并不是做已有药品结构的改造，这就是自主创新。另一种即是模仿性创新。模仿性创新是指企业模仿率先创新者的创新构思和创新行为，吸收率先创新者成功的经验和失败的教训，购买或破译率先创新者的技术秘密，并在此基础上改进完善，进一步开发，在工艺设计、质量控制、成本控制、生产管理、市场营销等创新环节的中后期阶段投入主要力量，生产出在性能、质量、价格方面具有竞争力的产品，与其他企业包括率先创新企业进行竞争，以此确立自己的市场竞争地位，获取经济利益。模仿性创新是一种十分普通的创新行为。一项成功的率先创新总要引来许多后续的模仿跟进者，通常模仿跟进者的创新成果又会被进一步模仿。
在医药产业中，1975至1994年的20年间全世界新上市的1000多个新化学实体（NCE）的76％为模仿性创新，尤其是日本医药产业发展充分证明了模仿性创新的目的性强、投资少、周期短、成功率高等特点，充分证明模仿性创新作为新药研究十分成功的策略。
模仿性创新是多数企业在发展初期或创新能力较弱时的合理选择。企业在模仿中努力提高创新的自主能力和成份，实现在成长中追求自主创新最终目标。
８）、单纯性仿制要慎重
受专利保护的品种有时间期限的限制，通常药品专利为20年保护期，但由于申报专利时多为实验室研究成果，可能在申报并获得专利批准后，才进行临床前实验、临床实验及报批工作，真正上市而受专利保护的期限仅剩８年左右。专利保护期一过，任何企业均可仿制。有人可能会说，这不失为一条好路。
这里想说，这样的单纯性仿制一定要慎重。理论上，这样仿制并无不可，但实际可能有许多问题值得深究。如一般专利技术中可能含有尚未公布的专有技术，仅仅依靠专利文献的说明并不一定能仿制成功；专利到期后，原先生产企业可以凭借其长期以来对该产品的生产经验、技术等优势降低生产成本， 新上仿制产品的企业就会在竞争上处于劣势；先入为主的消费观念使得老百姓对品牌的认同程度不同，更乐于接受原先企业的该产品：原先生产企业还可以发明更新的工艺路线，申报专利，继续保持该产品的竞争优势。
９）、其他
（１）营造大兵团、多学科协同作战的环境，优势互补，共同开发世界级“重磅炸弹”；
（２）加强知识产权方面的普及教育工作，一方面做到自己遵纪守法，另一方面保护自身的合法权益，还可以利用法律条文的规定突破发达国家知识产权保护的“封锁”；