肝内胆管结石的病因主要是由于胆道感染、胆道蛔虫、胆汁淤积导致。胆道感染引起胆道炎症，以及由于细菌的作用为胆石形成创造了条件。胆道蛔虫残体可成为胆石的核心，甚至胆石的大都可由虫体构成。胆小淤滞可使胆汁成分沉淀积聚，有利于形成胆石。