子宫内膜异位症可以各种方式妨碍受孕。例如，异位于盆腔的子宫内膜可刺激周围组织加重瘢痕或粘连形成，瘢痕组织可将卵巢、输卵管、肠道粘连在一起。粘连可干扰卵巢释放卵子或妨碍输卵管的拾卵。假如卵巢被粘连脱离了卵管，则排卵后卵子不能进入卵管。研究人员调查了内膜异位和不育之间还可能有其它联系，即使内膜种植在远离输卵管和卵巢的地方亦可致生育功能低下。已有一些证据表明，可能是内膜种植所产生的前列腺素或其它化学物质干扰了排卵以及卵子进入输卵管和受精。