淋球菌对单层柱状上皮细胞和移行上皮细胞如前后尿道、子宫颈、膀胱粘膜等较敏感，而对复层鳞状上皮细胞如舟状窝、阴道粘膜不敏感。因此，淋球菌首先侵入前尿道或宫颈粘膜，淋菌借助其菌毛、蛋白Ⅱ和它释放的IgAl、分解酶与上皮粘附，被柱状上皮细胞吞饮进入细胞后大量繁殖，导致细胞损伤崩解，然后淋菌侵入粘膜下层，通过其内毒素脂多糖与补体、IgM等的协同作用，在该处引起炎症反应，多核白细胞增多，粘膜糜烂、脱落、形成典型的尿道脓性分泌物。若不及时治疗，淋菌可进入后尿道或宫颈，向上蔓延引起泌尿生殖道和附近器官炎症，如尿道旁腺炎、尿道球腺炎、前列腺炎、精囊炎、附睾炎、输卵管炎、子宫内膜炎等，严重者经血行播散全身。淋球菌可长期潜伏在腺体组织深部，成为慢性淋病而反复发作。粘膜坏死后由鳞状上皮或结缔组织代替，引起尿道瘢痕性狭窄，输卵(精)管狭窄、梗阻，继发宫外孕和男女不育。