肝囊肿以潴留性肝囊肿和先天性多囊肝为多见，此两者常难以区分。前者多为单个；后者常为多个，并约50%伴有多囊肾。肝囊肿一般大小自数毫米至10厘米或更大，增大速度缓慢。患者通常在40-50岁后出现临床症状。
囊肿可布满肝脏，也可仅局限于胆小管。囊内液体成分随囊肿类型、大小及有无并发症而改变。多囊肝的囊液澄清，；若囊内出血则囊液呈棕或红色；如并发感染囊液可呈脓性。由于肝代偿再生力强，故肝功能衰竭很少见。
临床表现与囊肿大小有关，主要为消化道症状如消化不良、食欲减退、嗳气、恶心、呕吐和右上腹痛。有时腹痛难忍，平卧后可减轻，继发感染后可出现寒战和发热。巨大囊肿压迫胆总管或肝管可致黄疸，但少见。
检查肝功能多半正常。B超检查肝区可见多个液性暗区。CT、核素扫描检查有助于与实质性肿瘤及血管瘤相鉴别。
肝囊肿的治疗近年来采用超声引导下行囊肿穿刺抽液，囊内注入适量无水酒精，方法简便、安全。对巨大有压迫症状或囊肿伴继发感染者，有时仍须外科手术处理。