丙型肝炎的临床症状、体征和其他病毒性肝炎无显著区别，所以诊断丙型肝炎除了进行肝功能检查以外，主要依靠病毒学指标。
丙型肝炎病毒指标包括抗HCV及HCVRNA。①抗HCV：即丙肝抗体，不是中和抗体，对人体无保护作用，是目前诊断丙型肝炎的主要指标。但因感染HCV后抗HCV出现较慢，一般在发病后2-6个月，甚至1年才转阳，故不能作为早期诊断丙型肝炎的方法，而且1次阴性，也不能直接否定诊断。当各型病毒性肝炎特异性标志检测阴性，临床症状及单项ALT升高提示急性病毒性肝炎时，应考虑是否为丙型肝炎感染。②HCV RNA：即丙型肝炎病毒的核糖核酸，是HCV的遗传物质，是表示体内感染HCV的直接指标。目前用PCR方法可以直接检测血中的HCV RNA，可用于HCV感染的早期诊断，因其较丙型肝炎抗体出现早，故是丙型肝炎病原学诊断和判断传染性的一项有用的指标。总之，对有典型临床表现且其发病与输血及血制品密切相关，已排除其他肝炎的可疑丙型肝炎患者，可进一步查HCV RNA及抗HCV ，如HCV-RNA及抗HCV均阳性或HCV RNA单独阳性即可确诊为丙型肝炎。